Kokoelmat on järjestetty viiteen eliöryhmään, putkilokasvi-, sammal-, sieni-, jäkälä- ja leväkokoelmiin. Valtaosa näistä on edelleen jaettu kahteen osaan, joista Itä-Fennoskandia (Herbarium Fennoscandiae orientalis) kattaa Suomen ja lähialueet (Venäjän Karjala, Kuolan niemimaa ja Leningradin alueen länsiosat), yleiskokoelma (Herbarium Generale) maapallon muut alueet. Luonnontieteellisen keskusmuseon kansainvälinen
Putkilokasvikokoelmissa on noin 1,83 miljoonaa näytettä, etenkin Pohjoismaista ja Pohjois-Amerikasta sekä Aasian viileiltä ja lauhkeilta vyöhykkeiltä. Näytteistä on siemenkasveja 1,73 ja sanikkaisia 95 000 tuhatta. Tyyppinäytteitä on noin 15 000. Kokoelmiin
Voit tutustua tähän mennessä digitoituihin putkilokasvinäytteisiin
Sammalkokoelmat ovat näytteiden edustavuuden ja merkittävyyden kannalta ehdotonta kansainvälistä kärkeä. Kokoelmat ovat tulosta yli 150 vuotta jatkuneesta kansainvälisestä sammaltutkimuksesta. Kokoelmissa on yhteensä noin 710 000 sammalnäytettä. Vanhimmat näytteet ovat 1700-luvulta, ja uusia näytteitä karttuu vuosittain noin 2 500. Kokoelmista merkittävimmät ovat historialliset erillisinä säilytettävät V. F. Brotheruksen ja S. O. Lindbergin sammalherbaariot. Sammalten tyyppinäytteiden määräksi arvioidaan noin 20 000.
Voit tutustua kaikkiin tähän mennessä digitoituihin sammalnäytteisiin
Sienikokoelmiin kuuluu vajaa puoli miljoonaa näytettä. Suurimpia kokoelmaosia ovat kotimaiset kääväkkäät (noin 90 000 näytettä) ja helttasienet (noin 75 000 näytettä). Tähän mennessä on digitoitu noin 3500 tyyppinäytettä ja kokonaismäärän arvioidaan olevan lähellä 5000:tta. Taksonomisen tutkimuksen kannalta tärkeimpiä tyyppinäytteitä on yli 3 000. Ulkomaiset kääväkäskokoelmat lukeutuvat maailman monipuolisimpiin, ja Venäjä on erityisen hyvin edustettuna. Historiallisista aineistoista arvokkaimpia ovat Petter Karstenin (1834–1917) kanta- ja kotelosienet sekä Johan Liron (1872–1943) mikrosienet.
Kokoelmien vuotuinen kartunta on viiden tuhannen näytteen luokkaa. Kaikki vuoden 2012 jälkeen sienikokoelmiin liitetyt näytteet löytyvät
Jäkäläkokoelmat käsittävät noin 460 000 näytettä ja kuuluvat näytemäärältään maailman suurimpiin. Hyvin edustettuja alueita ovat muun muassa Pohjoismaat, Kanada ja Tulimaa ja erityisen runsaita aineistoja löytyy torvijäkälien (Cladonia) ja nahkajäkälien (Peltigera) suvuista. Erillisinä säilytetään tieteellisesti korvaamattoman arvokkaita, historiallisia Erik Achariuksen (H-ACH) ja William Nylanderin (H-NYL) herbaarioita, sekä tyyppinäytteiden kokoelmaa. Tähän mennessä on digitoitu 11 000 jäkälien tyyppinäytettä. Kokoelmat karttuvat noin 5000 näytteellä vuosittain, ja ne palvelevat jäkälätutkijoita ympäri maailman.
Voit tutustua kaikkiin tähän mennessä digitoituihin jäkälänäytteisiin
Erityisesti näkinpartaislevät (Charales) ovat hyvin edustettuina. Leväkokoelmiin kuuluu myös mikroskooppilaseille säilöttyjä näytteitä, planktonisten levien piirrosnäytteitä sekä säilytysnestenäytteitä. Kokoelmassa on merkittävää aineistoa myös ulkomailta, erityisesti Välimereltä ja Jäämereltä.
Voit tutustua digitoituihin levänäytteisiin