Kokoelmat on järjestetty viiteen eliöryhmään, putkilokasvi-, sammal-, sieni-, jäkälä- ja leväkokoelmiin. Valtaosa näistä on edelleen jaettu kahteen osaan, joista Itä-Fennoskandia (Herbarium Fennoscandiae orientalis) kattaa Suomen ja lähialueet (Venäjän Karjala, Kuolan niemimaa ja Leningradin alueen länsiosat), yleiskokoelma (Herbarium Generale) maapallon muut alueet. Luonnontieteellisen keskusmuseon kansainvälinen herbaariotunnus on H.
Putkilokasvikokoelmissa on noin 1,83 miljoonaa näytettä, etenkin Pohjoismaista ja Pohjois-Amerikasta sekä Aasian viileiltä ja lauhkeilta vyöhykkeiltä. Näytteistä on siemenkasveja 1,73 ja sanikkaisia 95 000 tuhatta. Tyyppinäytteitä on noin 15 000. Kokoelmiin liitetään vuosittain noin 5 000–10 000 näytettä. Itä-Fennokandian näytteitä on noin 700 000. Merkittävin historiallinen aineisto on Christian von Stevenin (1781–1863) vuonna 1861 lahjoittama noin 120 000 tuhannen näytteen kokoelma. Siinä on yli tuhat tyyppinäytettä. Von Steven oli suomalaissyntyinen kasvitieteilijä, joka teki elämäntyönsä Etelä-Venäjällä ja Krimillä.
Voit tutustua tähän mennessä digitoituihin putkilokasvinäytteisiin Laji.fi-sivustolla.
Sammalkokoelmat ovat näytteiden edustavuuden ja merkittävyyden kannalta ehdotonta kansainvälistä kärkeä. Kokoelmat ovat tulosta yli 150 vuotta jatkuneesta kansainvälisestä sammaltutkimuksesta. Kokoelmissa on yhteensä noin 710 000 sammalnäytettä. Vanhimmat näytteet ovat 1700-luvulta, ja uusia näytteitä karttuu vuosittain noin 2 500. Kokoelmista merkittävimmät ovat historialliset erillisinä säilytettävät V. F. Brotheruksen ja S. O. Lindbergin sammalherbaariot. Sammalten tyyppinäytteiden määräksi arvioidaan noin 20 000.
Voit tutustua kaikkiin tähän mennessä digitoituihin sammalnäytteisiin Laji.fi-sivustolla. Voit myös selailla ulkomaisen ja kotimaisen kokoelman lajilistoja.
Sienikokoelmiin kuuluu vajaa puoli miljoonaa näytettä. Suurimpia kokoelmaosia ovat kotimaiset kääväkkäät (noin 90 000 näytettä) ja helttasienet (noin 75 000 näytettä). Tähän mennessä on digitoitu noin 3500 tyyppinäytettä ja kokonaismäärän arvioidaan olevan lähellä 5000:tta. Taksonomisen tutkimuksen kannalta tärkeimpiä tyyppinäytteitä on yli 3 000. Ulkomaiset kääväkäskokoelmat lukeutuvat maailman monipuolisimpiin, ja Venäjä on erityisen hyvin edustettuna. Historiallisista aineistoista arvokkaimpia ovat Petter Karstenin (1834–1917) kanta- ja kotelosienet sekä Johan Liron (1872–1943) mikrosienet.
Kokoelmien vuotuinen kartunta on viiden tuhannen näytteen luokkaa. Kaikki vuoden 2012 jälkeen sienikokoelmiin liitetyt näytteet löytyvät Laji.fi-sivustolta. Myös kaikki ulkomaiset kääväkäsnäytteet on digitoitu ja siten selattavissa yo. sivustolla.
Jäkäläkokoelmat käsittävät noin 460 000 näytettä ja kuuluvat näytemäärältään maailman suurimpiin. Hyvin edustettuja alueita ovat muun muassa Pohjoismaat, Kanada ja Tulimaa ja erityisen runsaita aineistoja löytyy torvijäkälien (Cladonia) ja nahkajäkälien (Peltigera) suvuista. Erillisinä säilytetään tieteellisesti korvaamattoman arvokkaita, historiallisia Erik Achariuksen (H-ACH) ja William Nylanderin (H-NYL) herbaarioita, sekä tyyppinäytteiden kokoelmaa. Tähän mennessä on digitoitu 11 000 jäkälien tyyppinäytettä. Kokoelmat karttuvat noin 5000 näytteellä vuosittain, ja ne palvelevat jäkälätutkijoita ympäri maailman.
Voit tutustua kaikkiin tähän mennessä digitoituihin jäkälänäytteisiin Laji.fi-sivustolla. Erillisherbaarioihin tallennetut näytteet löytyvät lisäksi seuraavien linkkien takaa: Achariuksen herbaario, Nylanderin herbaario ja tyyppinäytekokoelma. Voit myös selailla ulkomaisen näytekokoelman lajilistaa.
Leväkokoelmiin kuuluu 26 000 näytettä. Kokoelmien painopiste on kotimaisissa näytteissä sisältäen Itämeren merileviä sekä järvien makean veden levälajistoa.
Erityisesti näkinpartaislevät (Charales) ovat hyvin edustettuina. Leväkokoelmiin kuuluu myös mikroskooppilaseille säilöttyjä näytteitä, planktonisten levien piirrosnäytteitä sekä säilytysnestenäytteitä. Kokoelmassa on merkittävää aineistoa myös ulkomailta, erityisesti Välimereltä ja Jäämereltä.
Voit tutustua digitoituihin levänäytteisiin Laji.fi:ssä.