Toimintaamme ohjaavat sekä Helsingin yliopiston strategia että valtakunnallinen johtokunta. Yhteiskunnalliseen vaikuttavuuteen ja instituutin kehittämiseen osallistuu myös humanistisen tiedekunnan dekaanin kutsuma neuvottelukunta. Henkilöstön osuus kehittämistyössä ja päätöksenteossa on vahva. Päätöksenteosta vastaa instituutin johtaja yhdessä tiedekunnan dekaanin kanssa. Opetusohjelmien ja hankkeiden toimintaa ohjaavat lisäksi niiden omat johtokunnat ja ohjausryhmät.
Aleksanteri-instituutti toimii vuodesta 2018 lähtien hallinnollisesti Helsingin yliopiston humanistisen tiedekunnan osastona. Noudatamme Helsingin yliopiston periaatteita ja menettelyjä mm. rekrytoinnissa ja työsuhteissa, jaamme yliopiston strategian ja tuemme tiedekunnan yhteisiä tavoitteita. Aleksanteri-instituutin johtajana toimii Markku Kangaspuro.
Aleksanteri-instituutilla on humanistisen tiedekunnan dekaanin nimeämä johtokunta, jonka toimikausi on neljä vuotta. Johtokuntaan kuuluu kymmenen jäsentä, joilla on henkilökohtainen varajäsen. Johtokunnan jäsenistä puheenjohtaja ja kolme muuta jäsentä edustavat Helsingin yliopistoa. Näistä yhden jäsenen instituutin henkilöstö valitsee keskuudestaan. Kuusi jäsentä edustavat Helsingin yliopiston yhteistyötahoja, joista vähintään kolmen tulee olla muista yliopistoista.
Johtokunnan jäsenet
Neuvottelukunta tukee instituutin yhteiskunnallista vuorovaikutusta. Sen tehtävänä on arvioida ja kehittää instituutin toimintaa sekä välittää tietoa toimintaympäristön muutoksista.
Neuvottelukunnan jäsenet kutsuu johtokunnan esityksestä humanistisen tiedekunnan dekaani, joka myös nimeää puheenjohtajan jäsenten keskuudesta. Neuvottelukunnan toimikausi on neljä vuotta ja se kokoontuu vähintään kerran vuodessa.
Neuvottelukunnan varapuheenjohtaja
Aleksanteri-instituutin vuosibudjetti on noin 4 M€. Siitä noin kolmannes perustuu Opetus- ja kulttuuriministeriön myöntämään, valtakunnallisen tehtävän hoitamiseen tarkoitettuun rahoitukseen. Reilu kolmannes (38% vuonna 2016) tuloista on kilpailtua tutkimusrahoitusta, ja kilpaillun rahoituksen osuus on viime vuosina ollut vahvassa kasvussa. Suurimpia rahoittajia ovat Suomen Akatemia (n. 75% kilpaillusta rahoituksesta) sekä kotimaiset säätiöt ja ministeriöt. EU-rahoituksen ja muun ulkomaisen rahoituksen määrä vaihtelee vuosittain.