Aleksanteri-instituutti on Helsingin yliopiston humanistisen tiedekunnan yhteydessä toimiva itsenäinen osasto. Toimintaamme ohjaavat sekä Helsingin yliopiston strategia että valtakunnallinen johtokunta. Yhteiskunnalliseen vaikuttavuuteen ja instituutin kehittämiseen osallistuu myös Helsingin yliopiston rehtorin kutsuma neuvottelukunta. Henkilöstön osuus kehittämistyössä ja päätöksenteossa on vahva. Päätöksenteosta vastaa instituutin johtaja yhdessä tiedekunnan dekaanin kanssa. Opetusohjelmien ja hankkeiden toimintaa ohjaavat lisäksi niiden omat johtokunnat ja ohjausryhmät.