Yliopistomuseon esinekokoelmissa on mm. tieteellisiä tutkimuslaitteita, juhlaperinteeseen ja ylioppilaselämään liittyvää esineistöä sekä huonekaluja. Havainto-opetuksessa tai tutkimuksessa käytettyjä laitteita ja välineitä on siirretty museon kokoelmiin mm. fysiikan, kemian, fysiologian, geologian ja tähtitieteen oppiaineista.

Museossa on laaja terveydenhuollon historian esinekokoelma, joka sisältää eri puolilla Suomea toimineiden sairaaloiden hoitovälineitä, huonekaluja ja astioita sekä lääketieteeseen, sairaanhoitoon, eläinlääketieteeseen ja hammaslääketieteeseen liittyviä hoito- ja tutkimusvälineitä.

Sähkötulukset, jotka ovat toimineet sähköpurkauksessa vapautuvan energian havaintovälineenä.Hevosen pään anatominen malli.Tähtikarttapallo. Antiikista saakka oli tapana esittää tähdistöt ikään kuin taivaanpallon ulkopuolelta katsottuina.Äitiyspakkaus vuodelta 1974.Päivätyöpulkkia. Päivätyöläisen tekemät työpäivät merkittiin päivätyöpulkkaan. Tästä on lähtöisin sanonta "päivä on pulkassa".Äidinmaitokorviketta toisen maailmansodan jälkeiseltä ajalta.Ehkäisypillereitä.Hammaslääkärin tuoleja.Vahakuva isorokkoa sairastavasta lapsesta. Vahakuva on osa "Ylpön lapset" -vahakuvakokoelmaa.Solmeilutekniikalla tehty makramee-harjoitustyö.Hippityylistä vaikutteita saanut ateljeessa valmistettu neuletakki, 1967. Suunnittelija Ulla Bergh-Snellman, kirjonnat Margareta Kuntzi.