Selected Publications

Selected publications from Tumor Genomics group
  • Räisänen M, Kaasinen E, Jäntti M, Taira A, Siili E, Bützow R, Heikinheimo O, Pasanen A, Karhu A, FinnGen, Berta DG, Välimäki N & Aaltonen LA. Nature Communications vol. 16: 4307, 2025.
  • Kolterud Å, Välimäki N, Kuisma H, Patomo J, Ilves S, Mäkinen N, Kaukomaa J, Palin K, Kaasinen E, Karhu A, Pasanen A, Bützow R, Heikinheimo O, Kopp Kallner H & Aaltonen LA. . Human Molecular Genetics Mar 20;32(7):1063-1071, 2023.
  • Välimäki N, Jokinen V, Cajuso T, Kuisma H, Taira, Dagnaud O, Ilves S, Kaukomaa J, Pasanen A, Palin K, Heikinheimo O, Bützow R, Aaltonen LA & Karhu A. . The American Journal of Human Genetics Mar 2;110(3):460-474, 2023.
  • Kuisma H, Bramante S, Rajamäki K, Sipilä LJ, Kaasinen E, Kaukomaa J, Palin K, Mäkinen N, Sjöberg J, Sarvilinna N, Taipale J, Kauppi L, Tumiati M, Hassinen A, Pitkäniemi J, Jalkanen J, Heikkinen S, Pasanen A, Heikinheimo O, Bützow R, Välimäki N & Aaltonen LA. Nature Communications. 12, 1, 5448, 2021.
  • Berta DG, Kuisma H, Välimäki N, Räisänen M, Jäntti M, Pasanen A, Karhu A, Kaukomaa J, Taira A, Cajuso T, Nieminen S, Penttinen R-M, Ahonen S, Lehtonen R, Mehine M, Vahteristo P, Jalkanen J, Sahu B, Ravantti J, Mäkinen N, Rajamäki K, Palin K, Taipale J, Heikinheimo O, Bützow R, Kaasinen E & Aaltonen LA.. Nature 596, pages 398–403, 2021.
  • Katainen, R., Donner, I., Cajuso, T., Kaasinen, E., Palin, K., Mäkinen, V., Aaltonen, L. A. & Pitkänen, E. Nature Protocols 13, 11, s. 2580-2600, 2018.
  • Välimäki N, Kuisma H, Pasanen A, Heikinheimo O, Sjöberg J, Bützow R, Sarvilinna N, Heinonen HR, Tolvanen J, Bramante S, Tanskanen T, Auvinen J, Uimari O, Alkodsi A, Lehtonen R, Kaasinen E, Palin K, Aaltonen LA. Elife 2018 Sep 18;7.
  • Kondelin J, Salokas K, Saarinen L, Ovaska K, Rauanheimo H, Plaketti RM, Hamberg J, Liu X, Yadav L, Gylfe AE, Cajuso T, Hänninen UA, Palin K, Ristolainen H, Katainen R, Kaasinen E, Tanskanen T, Aavikko M, Taipale M, Taipale J, Renkonen-Sinisalo L, Lepistö A, Koskensalo S, Böhm J, Mecklin JP, Ongen H, Dermitzakis ET, Kilpivaara O, Vahteristo P, Turunen M, Hautaniemi S, Tuupanen S, Karhu A, Välimäki N, Varjosalo M, Pitkänen E, Aaltonen LA. . EMBO Molecular Medicine 2018 Sep;10(9). pii: e8552.
  • Palin K, Pitkänen E, Turunen M, Sahu B, Pihlajamaa P, Kivioja T, Kaasinen E, Välimäki N, Hänninen UA, Cajuso T, Aavikko M, Tuupanen S, Kilpivaara O, van den Berg L, Kondelin J, Tanskanen T, Katainen R, Grau M, Rauanheimo H, Plaketti RM, Taira A, Sulo P, Hartonen T, Dave K, Schmierer B, Botla S, Sokolova M, Vähärautio A, Gladysz K, Ongen H, Dermitzakis E, Bramsen JB, Ørntoft TF, Andersen CL, Ristimäki A, Lepistö A, Renkonen-Sinisalo L, Mecklin JP, Taipale J, Aaltonen LA. Nature Communications 2018 Sep 10;9(1):3664.
  • Kondelin J, Gylfe AE, Lundgren S, Tanskanen T, Hamberg J, Aavikko M, Palin K, Ristolainen H, Katainen R, Kaasinen E, Taipale M, Taipale J, Renkonen-Sinisalo L, Järvinen H, Böhm J, Mecklin J-P, Vahteristo P, Tuupanen S, Aaltonen LA & Pitkänen E. Cancer Research 77, 4078-4088, 2017.
  • Katainen R, Dave K, Pitkänen E, Palin K, Kivioja T, Välimäki N, Gylfe A, Ristolainen H, Hänninen UA, Cajuso T, Kondelin J, Tanskanen T, Mecklin J-P, Järvinen H, Renkonen-Sinisalo L, Lepistö A, Kaasinen E, Kilpivaara O, Tuupanen S, Enge M, Taipale J & Aaltonen LA. Nature Genetics 47, 818-821, 2015.
  • Mehine M, Kaasinen E, Mäkinen N, Katainen R, Kämpjärvi K, Pitkänen E, Heinonen H-R, Bützow R, Kilpivaara O, Kuosmanen A, Ristolainen H, Gentile M, Sjöberg J, Vahteristo P & Aaltonen LA. New England Journal of Medicine 369, 453-463, 2013.
  • Sur IK, Hallikas O, Vähärautio A, Yan J, Turunen M, Enge M, Taipale M, Karhu A, Aaltonen LA & Taipale J. Science 338, 1360-1363, 2012.
  • Mäkinen N, Mehine M, Tolvanen J, Kaasinen E, Li Y, Lehtonen HJ, Gentile M, Yan J, Enge M, Taipale M, Aavikko M, Katainen R, Virolainen E, Böhling T, Koski TA, Launonen V, Sjöberg J, Taipale J, Vahteristo P & Aaltonen LA. Science 334, 252-255, 2011.
  • Tuupanen S, Turunen M, Lehtonen R, Hallikas O, Vanharanta S, Kivioja T, Björklund M, Wei G, Yan J, Niittymäki I, Mecklin J-P, Järvinen H, Ristimäki A, Di-Bernardo M, East P, Carvajal-Carmona L, Houlston RS, Tomlinson I, Palin K, Ukkonen E, Karhu A, Taipale J & Aaltonen LA. . Nature Genetics 41, 885-890, 2009.
  • Vierimaa O, Georgitsi M, Lehtonen R, Vahteristo P, Kokko A, Raitila A, Tuppurainen K, Ebeling TML, Salmela PI, Paschke R, Gündogdu S, de Menis E, Mäkinen M, Launonen V, Karhu A & Aaltonen LA. Science 312, 1228-1230, 2006.
  • Tomlinson IPM, Alam NA, Rowan AJ, Barclay E, Jaeger EE, Kelsell D, Leigh I, Gorman P, Lamlum H, Rahman S, Roylance RR & Olpin S - Bevan S, Barker K, Hearle N & Houlston RS – Kiuru M, Lehtonen R, Karhu A, Vilkki S, Laiho P, Eklund C, Vierimaa O, Aittomäki K, Hietala M, Sistonen P, Paetau A, Salovaara R, Herva R, Launonen V & Aaltonen LA. Nature Genetics 30, 406-410, 2002.
  • Howe JR, Roth S, Ringold JC, Summers RW, Järvinen HJ, Sistonen P, Tomlinson IPM, Houlston RS, Bevan S, Mitros FA, Stone EM & Aaltonen LA. Science 280, 1086-1088, 1998.
  • Hemminki A, Markie D, Tomlinson I, Avizienyte E, Roth S, Loukola A, Bignell G, Warren W, Aminoff M, Höglund P, Järvinen H, Kristo P, Pelin K, Ridanpää M, Salovaara R, Toro T, Bodmer W, Olschwang S, Olsen AS, Stratton MR, de la Chapelle A & Aaltonen LA. Nature 391, 184-187, 1998.
  • Aaltonen LA, Salovaara R, Kristo P, Canzian F, Hemminki A, Peltomäki P, Chadwick RB, Percesepe A, Kääriäinen H, Ahtola H, Eskelinen M, Härkönen N, Julkunen R, Kangas E, Ojala S, Tulikoura J, Valkamo E, Järvinen H, Mecklin J-P & de la Chapelle A. New England Journal of Medicine 338, 1481-1487, 1998.