Publications

Selected Publications of the members of the Centre of Excellence in Tree Biology (TreeBio)
Selected Publications

Alonso Serra, J. A., Shi, X., Peaucelle, A., Rastas, P., Bourdon, M., Immanen, J., Takahashi, J., Koivula, H., Eswaran, G., Muranen, S. J., Help-Rinta-Rahko, H., Smolander, O-P., Su, C., Safronov, O., Gerber, L., Salojärvi, J., Hagqvist, R., Mähönen, A. P., Helariutta, Y. & Nieminen, K. (2020) Current Biology. 30, 589-599

Alonso-Serra, J., Safronov, O., Lim, K-J., Fraser-Miller, S.J., Blokhina, O.B., Campilho, A., Chong, S-L., Fagerstedt, K., Haavikko, R., Helariutta, Y., Immanen, J., Kangasjärvi, J., Kauppila, T.J., Lamminmäki, A., Lehtonen, M., Ragni, L., Rajaraman, S., Runeberg-Roos, P., Räsänen, R-M., Safdari, P., Tenkanen, M., Yli-Kauhaluoma, J.T., Teeri, T., Strachan, C., Nieminen, K., Salojärvi, J. (2019) New Phytologist 222, 1816-1831

Cervantes, S., Vuosku, J., & Pyhäjärvi, T. (2021)  PeerJ 9, e11781

Fischer, U., Kucukoglu, M., Helariutta, Y., Bhalerao, RP. (2019) . Annual Review of Plant Biology 70, 293-319

Furuta, K. M., Yadav, S. R., Lehesranta, S., Belevich, I., Miyashima, S., Heo, J., Vaten, A., Lindgren, O., De Rybel, B., Van Isterdael, G., Somervuo, P., Lichtenberger, R., Rocha, R., Thitamadee, S., Tähtiharju, S., Auvinen, P., Beeckman, T., Jokitalo, E. & Helariutta, Y. (2014) Science 345, 933-937

Hölttä, T., Mencuccini, M., Nikinmaa, E. (2009) . Journal of Theoretical Biology 259, 325-337

Hölttä, T., Lintunen, A., Chan, T., Mäkelä, A., & Nikinmaa, E. (2017) . Tree Physiology 37, 851–868

Hõrak, H., Sierla, M., Tõldsepp, K., Wang, C., Wang, Y-S., Nuhkat, M., Valk, E., Pechter, P., Merilo, E., Salojärvi, J., Overmyer, K., Loog, M., Brosché, M., Schroeder, J., Kangasjärvi, J. and Kollist, H. (2016) . The Plant Cell 10, 2493-2509

Hu, G., Feng, J., Xiang, X., Wang, J., Salojärvi, J, Liu, Ch., Wu, Z., Zhang, J., Liang, X., Jiang, Z., Liu, W., Ou, L., Li, J., Fan, G., Mai, Y., Chen, Ch., Peng, H., Yao, L., Wai, Ch.M., Luo, X., Fu, J., Tang, H., Lan, T., Lai, B., Sun, J., Wei, Y., Li, H., Chen, J., Huang, X., Liu, X., McHale, L.K., Rolling, W., Guyot, R., Sankoff, D., Zheng, Ch., Albert, V.A., Ming, R., Chen, R., Xia, R., Li, J. (2022) Nature Genetics 54, 73–83

Immanen, J., Nieminen, K., Smolander, O.P., Kojima, M., Alonso Serra, J., Koskinen, P., Zhang, J., Elo, A., Mähönen, A.P., Street, N., Bhalerao, R.P., Paulin, L., Auvinen, P., Sakakibara, H., Helariutta, Y. (2016) Current Biology 26, 1990-1997

Jyske, T., & Hölttä, T. (2015) . New Phytologist 205, 102-115

Kastally, C., Niskanen, A. K., Perry, A., Kujala, S. T., Avia, K., Cervantes, S., Haapanen M., Kesälahti, R., Kumpula, T. A., Mattila. T. M., Ojeda, D. I., Tyrmi, J. S., Wachowiak, W., Cavers, S., Kärkkäinen, K., Savolainen, O. & Pyhäjärvi, T. (2022) Taming the massive genome of Scots pine with PiSy50k, a new genotyping array for conifer research. The Plant Journal. The Plant Journal 109, 1337-1350

Kucukoglu, M., Chaabouni, S., Zheng, B., Mähönen, A.P., Helariutta, Y., Nilsson, O. (2020). . New Phytologist 226, 75-85

Kucukoglu, M., Nilsson, J., Zheng, B., Chaabouni, S., Nilsson, O. (2017) . New Phytologist 215, 642-657

Kucukoglu, M., Nilsson, O. (2015) . Physiologia Plantarum 155, 74-87

Lintunen, A., Paljakka, T., Salmon, Y., Dewar, R., Riikonen, A., & Hölttä, T. (2020) . Plant, Cell & Environment 43, 532-547

Lopez-Anido, CB., Vatén, A., Smoot, NK., Sharma, N., Guo, V., Gong, Y., Anleu Gil, MX., Weimer, AK., Bergmann, DC. (2021). Developmental Cell 56, 1043–55

Mähönen, A. P., ten Tusscher, K., Siligato, R., Smetana, O., Diaz-Trivino, S., Salojärvi, J. T., Wachsman, G., Prasad, K., Heidstra, R. & Scheres, B. (2014) . Nature 515, 125-129

Miyashima, S., Roszak, P., Sevilem, I., Toyokura, K., Blob, B., Heo, J., Mellor, N., Help-Rinta-Rahko, H., Otero, S., Smet, W., Boekschoten, M., Hooiveld, G., Hashimoto, K., Smetana, O., Siligato, R., Wallner, E-S., Mähönen, A. P., Kondo, Y., Melnyk, C. W., Greb, T., Nakajima, K., Sozzani, R., Bishopp, A., De Rybel, B., Helariutta, Y. (2019) . Nature 565, 490-494

Nieminen, K., Immanen, J., Laxell, M., Kauppinen, L., Tarkowski, P., Dolezal, K., Tähtiharju, S., Elo, A.K., Decourteix, M., Ljung, K., Bhalerao, R., Keinonen, K., Albert, V.A., Helariutta, Y. (2008) Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 105, 20032-20037

Ojeda, D., Mattila, T.M., Ruttink, T., Kujala, S.T., Kärkkäinen, K., Verta, J.P., Pyhäjärvi, T. (2019) . G3: Genes, Genomes, Genetics 9, 3409-3421

Pyhäjärvi, T., Kujala, ST., Savolainen, O. (2020) . Evolutionary Applications 13, 11-30

Roszak, P., Heo, J., Blob, B., Toyokura, K., De Luis Balaguer, M. A., Lau, W., Hamey, F. K., Cirrone, J., Wang, X., Ursache, R., Tavares, H., Verstaen, K., Wendrich, J., Melnyk, C. W., Shasha, D., Ahnert, S., Saeys, Y., De Rybel, B., Heidstra, R., Scheres, B., Grossmann, G., Mähönen, A.P., Denninger, P., Göttgens, B., Sozzani, R., Birnbaum, KD., Helariutta, Y. (2021) Science 374, eaba5531

Salmon, Y., Lintunen, A., Dayet, A., Chan, T., Dewar, R., Vesala, T., & Hölttä, T. (2020) . New Phytologist 226, 690-703. 

Salojärvi, J., Smolander, O-P., Nieminen, K., Rajaraman, S., Safronov, O., Safdari, P., Lamminmäki, A., Immanen, J., Lan, T., Tanskanen, J., Rastas, P., Amiryousefi, A., Jayaprakash, B., Kammonen, J. I., Hagqvist, R., Eswaran, G., Ahonen, V. H., Serra, J. A., Asiegbu, F. O., Barajas-Lopez, J. D. D., [...], Albert, V.A., Auvinen, P., Helariutta, Y.Kangasjarvi, J. (2017) G. Nature Genetics 49, 904-912

Shapiguzov, A., B. Ingelsson, I. Samol, C. Andres, F. Kessler, J.D. Rochaix, A.V. Vener, and M. Goldschmidt-Clermont. (2010) Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA 107, 4782-7

Shapiguzov, A., Vainonen, J.P., Hunter, K., Tossavainen, H., Tiwari, A., Järvi, S., Hellman, M., Aarabi, F., Alseekh, S., Wybouw, B., Van Der Kelen, B., Nikkanen, L., Krasensky-Wrzaczek, J., Sipari, N., Keinänen, M., Tyystjärvi, E., Rintamäki, E., De Rybel, B., Salojärvi, J., Van Breusegem, F., Fernie, A.R., Brosché, M., Permi, P., Aro, E.-M., Wrzaczek, M., and Kangasjärvi, J. (2019) . eLife 8, e43284

Shapiguzov, A., Vainonen, J.P., Wrzaczek, M., and Kangasjärvi, J. (2012) Frontiers in Plant Science 3, 292

Shapiguzov, A., L. Nikkanen, D. Fitzpatrick, J.P. Vainonen, A. Tiwari, R. Gossens, S. Alseekh, F. Aarabi, O. Blokhina, K. Panzarová, Z. Benedikty, E. Tyystjärvi, A. R. Fernie, M. Trtílek, E.-M. Aro, E. Rintamäki, Kangasjärvi, J. (2020) . Philosophical Transactions of the Royal Society B 375, 20190413

Shapiguzov, A., X. Chai, G. Fucile, P. Longoni, L. Zhang, and J.D. Rochaix. (2016) . Plant Physiology 171, 82-92

Sierla, M., Hõrak, H., Overmyer, K., Waszczak, C., Yarmolinsky, D., Maierhofer, T., Denessiouk, K., Laanemets, K., Tõldsepp, K., Vahisalu, T., Gauthier, A., Salojärvi, J., Paulin, L., Auvinen, P., Geiger, D., Hedrich, R., Kollist, H. and Kangasjärvi, J. (2018) The Plant Cell, 30, 2813–2837

Sierla, M., Rahikainen, M., Salojärvi, J., Kangasjärvi, J. and Kangasjärvi, S. (2013) . 18, 2220-2239

Sierla, M., Waszczak, C., Vahisalu, T. and Kangasjärvi, J. (2016) Plant Physiology 171, 1569-1580

Smetana, O., Mäkilä, R., Lyu, M., Amiryousefi, A., Rodriguez, F. S., Wu, M-F., Sole-Gil, A., Gavarron, M. L., Siligato, R., Miyashima, S., Roszak, P., Blomster, T., Reed, J. W., Broholm, S. & Mähönen, A. P. (2019) . Nature 565, 485-489

Tyrmi, J., Vuosku, J., Acosta, Li, Z., Sterck, L., Savolainen, O., Pyhäjärvi, T. (2020) . G3: Genes, Genomes, Genetics 10, 2683-2696

Vahisalu, T., Kollist, H., Wang, Y-F., Nishimura, N., Chan, W-Y., Valerio, G., Lamminmäki, A., Brosche, M., Moldau, H., Desikan, R., Schroeder, J. I. & Kangasjärvi, J. (2008) Nature 452, 487-491

Vatén, A., Soyars, CL., Tarr, PT., Nimchuk, ZL., Bergmann, DC. (2018) . Developmental Cell 47, 53-66

Vaten, A., Dettmer, J., Wu, S., Stierhof, Y-D., Miyashima, S., Yadav, S. R., Roberts, C. J., Campilho, A., Bulone, V., Lichtenberger, R., Lehesranta, S., Mähonen, A. P., Kim, J-Y., Jokitalo, E., Sauer, N., Scheres, B., Nakajima, K., Carlsbecker, A., Gallagher, K. L. & Helariutta, Y. (2011) . Developmental Cell 21, 1144-1155

Vatén, A., Bergmann, D.C. (2012). EvoDevo 3, 11. 

Wang, X., Ye, L., Lyu, M., Ursache, R., Löytynoja, A. & Mähönen, A. P. (2020) . Nature Plants 6, 766–772

Waszczak, C., Vahisalu, T., Yarmolinsky, D., Sierla, M., Zamora, O., Leal Gavarrón, M., Carter, R., Carmody, M., Puukko, T., Sipari, N., Lamminmäki, A., Durner, J., Ernst, D., Paulin, L., Auvinen, P., Fleming, AJ., Salojärvi, J., Kollist, H., Kangasjärvi, J. (2019) bioRxiv

Wrzaczek, M., Vainonen, J. P., Stael, S., Tsiatsiani, L., Help-Rinta-Rahko, H., Gauthier, A., Kaufholdt, D., Bollhöner, B., Lamminmäki, A., Staes, A., Gevaert, K., Tuominen, H., Van Breusegem, F., Helariutta, Y. Kangasjärvi, J. (2015) . EMBO Journal. 34, 55-66

Ye, L., Wang, X., Lyu, M., Siligato, R., Eswaran, G., Vainio, L., Blomster, T., Zhang, J. & Mähönen, A. P. (2021) . Current Biology 31, 3365-3373

Zhang, J., Eswaran, G., Alonso-Serra, J., Kucukoglu, M., Xiang, J., Yang, W., Elo, A., Nieminen, K., Damén, T., Joung, JG., Yun, JY., Lee, JH., Ragni, L., Barbier de Reuille, P., Ahnert, SE., Lee, JY., Mähönen, AP., Helariutta, Y. (2019). Nature Plants 5, 1033-1042