Farmaceutiska fakulteten vill se till att forskningsresultaten och fakultetens experters kompetens är till största möjliga nytta i samhället. Samarbetet och interaktionen med aktörerna inom läkemedelsbranschen och intressentgrupperna stärker också det finska samhällets konkurrenskraft och välfärd. Fakulteten gör ett nära och aktivt nätverkssamarbete med alla aktörer inom farmaci och närliggande vetenskapsområden.
Farmaceutiska fakulteten medverkar i ett flertal profileringsprojekt för strategisk forskning vid Helsingfors universitet, i Finlands Akademis flaggskeppsprogram och i forskningsnätverk.
Utöver de nordiska länderna och Europa har fakulteten internationella partnerskap speciellt i Asien och Nordamerika. Fakulteten deltar aktivt i verksamheten hos den europeiska farmaceutiska fakultetsorganisationen EAFP och i internationell forskarutbildning, bland annat i nätverket ULLA, som omfattar de bästa europeiska forskningsuniversiteten inom farmaci.