Av universiteten i Finland är Helsingfors universitet den största mottagaren av konkurrensutsatt forskningsfinansiering. Forskningsfinansieringen består av statens basfinansiering, konkurrensutsatt extern finansiering och universitetets egna medel. Universitetets forskare är mycket framgångsrika i anskaffningen av finansiering, vilket vittnar om forskningens höga kvalitet. Som exempel kan nämnas att Helsingfors universitets får cirka en tredjedel av den forskningsfinansiering som Finlands Akademi beviljar. De viktigaste externa finansiärerna är Finlands Akademi, Tekes, Europeiska unionen och fonderna. NordForsk är en viktig nordisk finansiär.