Jatkokoulutusta on tarjolla molemmissa tiedekunnan laitoksissa, sosiaalitieteiden laitoksella ja politiikan ja talouden tutkimuksen laitoksella.

Jatkokoulutus tähtää ensijassa tohtorin tutkintoihin, mutta halutessaan jatko-opiskelija voi suorittaa myös lisensiaatin tutkinnon. Valtiotieteellisessä tiedekunnassa suoritettavia jatkotutkintoja ovat valtiotieteiden lisensiaatin tutkinto ja valtiotieteiden tohtorin tutkinto sekä erityistapauksissa filosofian tohtorin tutkinto.

Valtiotieteellinen tiedekunta koordinoi kolmea tohtoriohjelmaa:  Taloustieteen tohtoriohjelma, Poliittisten, yhteiskunnallisten ja taloudellisten muutosten tohtoriohjelma ja Sosiaalitieteiden tohtoriohjelma.