Hankkeen kesto: 2026–2027
Toteuttajat: Tutkijatohtori Saija Tenhunen ja professori Pekka Uimari (Helsingin yliopisto) yhteistyössä VikingGeneticsin asiantuntijoiden (Morten Kargo, Jørn Rind Thomasen ja Lars Peter Sørensen) kanssa.
Tämän kaksivuotisen projektin tavoitteena on tutkia pohjoismaisten punaisten lypsykarjarotujen tämänhetkistä perinnöllistä monimuotoisuutta, populaatiorakennetta ja niiden historiallista kehitystä.
Lisäksi hankkeessa selvitetään, miten rotujen välinen geenivaihto voidaan tulevaisuudessa toteuttaa niin, että saavutetaan maksimaalinen perinnöllinen edistyminen, mutta samalla säilytetään rotupopulaatioiden elintärkeä elinvoima ja monimuotoisuus pitkällä aikavälillä.
Projektin vaiheet
1. Populaatioanalyysit Hankkeen ensimmäisessä vaiheessa muodostetaan tarkka tilannekuva pohjoismaisen punaisen karjan geneettisestä rakenteesta.
- Aineisto ja menetelmät: Tutkimuksessa analysoidaan kattavaa genomista ja sukutauluaineistoa Suomesta, Ruotsista, Tanskasta ja Norjasta.
- Analyyseissä hyödynnetään monipuolisia populaatiogenetiikan työkaluja, kuten pääkomponenttianalyysiä (PCA), populaatioiden välistä erilaistumista mittaavaa Fst-tunnuslukua sekä ADMIXTURE-mallinnusta.
- Lisäksi tarkastellaan populaation sukusiitosasteita sekä genomin homotsygotiajaksojen (ROH, Runs of Homozygosity) rakennetta, joiden avulla tunnistetaan historiallisia muutoksia ja nykyisen yhdistelmärodun alarakenteita.
2. Populaatiosimulaatiot Hankkeen toisessa vaiheessa siirrytään rakenteen kartoituksesta käytännön jalostusstrategioiden suunnitteluun.
- Geenivaihdon mallinnus: Tietokonesimulaatioiden avulla tutkitaan, kuinka paljon geenivaihtoa norjalaisen punaisen karjan ja muiden pohjoismaisten punaisten populaatioiden (Suomen, Ruotsin ja Tanskan ns. Viking-populaatio) välillä on kannattavaa suorittaa.
- Optimaalinen kontribuutiovalinta (OCS): Simulaatioissa arvioidaan, miten optimaalista kontribuutiovalintaa voidaan parhaiten hyödyntää geenivaihdon toteuttamisessa. Menetelmän avulla etsitään optimaalisinta tasapainoa tavoitellun perinnöllisen edistymisen ja sukusiitoksen rajoittamisen välille nykyaikaisessa, monimutkaisessa jalostusympäristössä.
Yhteystiedot: