Yhteistyössä terveyskeskusten kanssa etsittiin tyypin 2 diabetespotilaita, jotka kutsuttiin tutkimukseen (probandi). Heidän lisäkseen tutkimukseen kutsuttiin myös heidän perheenjäseniään (vanhemmat, sisarukset, lapset).
Osallistujat täyttävät kattavan kyselylomakkeen, jossa kartoitetaan demografisia tietoja (ikä, siviilisääty, ammatti, koulutus, yms.), elämäntapoja (liikunta, alkoholin käyttö, tupakointi) sekä heillä itsellään ja suvussa todettuja sairauksia (diabetes, verenpaine, sydän- ja verisuonitaudit). Tutkimuskäynnillä mitataan pituus, paino, kehon rasvakoostumus ja EKG. Lisäksi tutkittavilta kerätään virtsanäyte virtsan valkuaisen mittaamista varten. Tutkimukseen osallistujille tehdään kahden tunnin glukoosirasitus (WHO, 75g), jonka aikana seurataan glukoosi- ja insuliiniarvoja mittauksiin (0, 30, 60 ja 120 minuutin kohdalla). Verinäytteet otetaan mm. veren rasvoja, maksa-arvoja, diabetesvasta-aineita ja geenianalyyseja varten.
Tutkimukseen osallistujat saavat henkilökohtaiset vastaukset tutkimustuloksista sekä tarvittaessa lähetteen jatkoselvityksiin ja hoitoon. Osa Botnia perhetutkimukseen osallistuneista kutsuttaan seurantakäynnille (seurantatutkimus) muutaman vuoden sisällä. Seurantakäynti noudattaa samaa rakennetta kuin perustutkimus.
Botnia –tutkimuksen tavoitteena on selvittää elämäntapojen ja perintötekijöiden yhteisvaikutusta diabeteksen kehittymisessä. Vaikka Botnia perhetutkimus keskittyy pääasiassa tyypin 2 diabeteksen syntyyn vaikuttavien riskitekijöiden tutkimiseen, on tutkimuksen kuluessa tunnistettu myös monia muita diabetesmuotoja tutkimukseen osallistuneissa perheissä. On löydetty perheitä, joissa on MODY –diabetesta, LADA-diabetesta tai sekä tyypin 1 ja tyypin 2 diabeteksen sekamuotoja (MIX).