Helsingin yliopiston tutkijakoulussa toimii 33 tohtoriohjelmaa. Tutkijakoulun ja tohtoriohjelmien alat perustuvat yhteistyöhön tutkimuksessa ja tohtorikoulutuksessa. Tohtorikoulutusrakenne kattaa yliopiston kaikki tieteenalat ja väitöskirjatutkijat.
Humanistis-yhteiskuntatieteelliset tohtoriohjelmat
Luonnontieteellisen alan tohtoriohjelmat
Terveyden tutkimuksen tohtoriohjelmat
Ympäristö-, elintarvike- ja biotieteellisen alan tohtoriohjelmat