Helsingin yliopistossa on neljä tutkijakoulua, joissa toimii 32 tohtoriohjelmaa. Tutkijakoulujen ja tohtoriohjelmien alat perustuvat yhteistyöhön tutkimuksessa ja tohtorikoulutuksessa. Tohtorikoulutusrakenne kattaa yliopiston kaikki tieteenalat ja tohtorikoulutettavat.
Tutkijakoulut
Tutkijakoulut järjestävät tohtorikoulutettaville yleisten työelämätaitojen koulutusta ja kehittävät alansa tohtorikoulutusta yhteistyössä tohtoriohjelmien ja niistä vastaavien tiedekuntien kanssa.
Tohtoriohjelmat järjestävät tohtorikoulutettaville systemaattista tieteenalakohtaista koulutusta ja ohjausta.
Tutkijakoulut
Humanistis-yhteiskuntatieteellisen tutkijakoulun tohtoriohjelmat
Teologian tohtoriohjelma Oikeustieteen tohtoriohjelma Filosofian, taiteiden ja yhteiskunnan tutkimuksen tohtoriohjelma Historian ja kulttuuriperinnön tohtoriohjelma Kielentutkimuksen tohtoriohjelma Sukupuolen, kulttuurin ja yhteiskunnan tutkimuksen tohtoriohjelma Sosiaalitieteiden tohtoriohjelma Poliittisten, yhteiskunnallisten ja alueellisten muutosten tohtoriohjelma Taloustieteen tohtoriohjelma Koulun, kasvatuksen, yhteiskunnan ja kulttuurin tohtoriohjelma Psykologian, oppimisen ja kommunikaation tohtoriohjelma
Luonnontieteellisen tutkijakoulun tohtoriohjelmat
Alkeishiukkasfysiikan ja maailmankaikkeuden tutkimuksen tohtoriohjelma Geotieteiden tohtoriohjelma Ilmakehätieteiden tohtoriohjelma Kemian ja molekyylitieteiden tohtoriohjelma Matematiikan ja tilastotieteen tohtoriohjelma Materiaalitutkimuksen ja nanotieteiden tohtoriohjelma Tietojenkäsittelytieteen tohtoriohjelma
Terveyden tutkimuksen tutkijakoulun tohtoriohjelmat
Ympäristö-, elintarvike- ja biotieteellisen tutkijakoulun tohtoriohjelmat
