Helsingin yliopistossa on neljä tutkijakoulua, joissa toimii 32 tohtoriohjelmaa. Tutkijakoulujen ja tohtoriohjelmien alat perustuvat yhteistyöhön tutkimuksessa ja tohtorikoulutuksessa. Tohtorikoulutusrakenne kattaa yliopiston kaikki tieteenalat ja tohtorikoulutettavat.