Tieteenalakohtainen ohjaus ja opetus toteutetaan Helsingin yliopistossa tohtoriohjelmissa, joissa kaikille tohtorikoulutettaville tarjotaan ohjausta ja opetusta. Kukin tohtoriohjelma kuuluu johonkin Helsingin yliopiston neljästä tutkijakoulusta. Teologinen tiedekunta toimii vastuutiedekuntana teologian tohtoriohjelmalle.