Teologinen tutkimus on arvioitu erittäin korkeatasoiseksi Helsingin yliopiston toimeenpanemissa kansainvälisissä arvioinneissa.

Kaudella 2014–2019 tiedekunnassa toimii kaksi Suomen Akatemian rahoittamaa tutkimuksen huippuyksikköä: Järki ja uskonnollinen hyväksyminen ja Pyhät tekstit ja traditiot muutoksessa. Lisäksi tiedekunnassa toimii monitieteinen Myötätunnon mullistava voima (CoPassion) -tutkimushanke, jonka työtä rahoittavat Tekes, Helsingin yliopisto ja useat yrityskumppanit.

Akatemiaprofessorin tehtävässä teologisessa tiedekunnassa toimii Elina Vuola. Tiedekunnan tutkimushankkeita