Teologinen tutkimus on arvioitu erittäin korkeatasoiseksi Helsingin yliopiston toimeenpanemissa kansainvälisissä arvioinneissa.

Kaudella 2014–2019 tiedekunnassa toimii kaksi Suomen Akatemian rahoittamaa tutkimuksen huippuyksikköä: Järki ja uskonnollinen hyväksyminen ja Pyhät tekstit ja traditiot muutoksessa. Lisäksi tiedekunnassa toimii kaudella 2018–2025 yhteistyössä humanistisen tiedekunnan kanssa Suomen Akatemian rahoittama tutkimuksen huippuyksikkö Muinaisen Lähi-idän imperiumit.