Ruralia-instituutin johtaja ja varajohtaja vastaavat oman toimensa ohessa toimipaikkojensa johtamistehtävistä. Instituutin johtaja toimii Seinäjoen toimintayksikön johtajana ja varajohtaja Mikkelin toimintayksikön johtajana. Instituutin johtoryhmään kuuluu johtajien lisäksi palvelukoordinaattori/controller.

Instituutilla on johtokunta, jossa on instituutin toiminnan kannalta tärkeiden tiedekuntien ja ulkoisten sidosryhmien edustus.  Johtokunnan toimikausi on 4 vuotta.

Lisäksi kummallakin toimipaikalla on alueellinen neuvottelukunta. Neuvottelukuntien tehtävä on seurata yksikköjen toimintaa, osallistua toiminnan arviointiin ja tehdä kehittämisehdotuksia.