Helsingin yliopistossa keskeisiä taloustieteen tutkimusaloja ovat aikasarjaekonometria, peliteoria ja soveltava mikrotalousteoria sekä makrotaloustiede, kansainvälinen talous ja julkistalous.
Aikasarjaekonometrisen tutkimuksen tavoitteena on kehittää taloudellisten aikasarja-aineistojen mallintamiseen soveltuvia tilastollisia menetelmiä ja soveltaa niitä empiirisessä taloustieteellisessä tutkimuksessa. Helsingin yliopistossa on tutkittu erityisesti makrotalouden ja rahoitusmarkkinoiden välisten yhteyksien tarkasteluun soveltuvia malleja ja menetelmiä. Niitä on sovellettu niin kansantalouden tilinpidon tuottamiin kokonaistaloutta kuvaaviin aikasarjoihin kuin osaketuottoihin ja korkoihinkin.
Mikrotalousteoria tutkii yksittäisen päätöksentekijän ja yhteisöjen, esimerkiksi markkinoiden vuorovaikutusta. Tyypillisiä tutkimuskohteita ovat kuluttajakäyttäytyminen, hinnoittelu, kilpailu ja markkinavoiman hyväksikäyttö tai yrityksen toiminta. Keskeinen mikrotaloustieteen menetelmä on päätös- ja peliteoria, joka ottaa huomioon päätöksentekijöiden strategisen käyttäytymisen. Helsingin yliopistossa peliteoriaa on sovellettu mm. neuvottelu-, etsintä- ja sopimusteoreettisiin sekä immateriaalioikeudellisiinkin ongelmiin.
Makrotaloudellinen tutkimus sisältää talouskasvun ja suhdannevaihtelujen tutkimusta. Helsingin yliopistossa kasvututkimuksen keskeisiä tutkimuskohteita ovat olleet globalisaation, ympäristötekijöiden ja työmarkkinainstituutioiden vaikutukset talouskasvuun. Suhdannevaihteluiden tutkimuksessa on viime aikoina keskitytty raha- ja finanssipolitiikkaan sekä rahoitusjärjestelmän rooliin suhdannevaihteluissa.
Tutkimuksessa keskitytään hyvin konkreettisten, julkisen vallan politiikan kannalta olennaisten kysymysten empiiriseen tutkimukseen käyttäen laajoja, yksilö- ja yritystason aineistoja. Tarkasteltavia kysymyksiä ovat mm. miten verotus vaikuttaa työllisyyteen ja investointeihin, köyhien maiden julkinen talous sekä miten koulutukseen tehdyt uudistukset näkyvät tuloissa ja tulonjaossa.