Turun palo teki pahaa jälkeä luonnontieteellisille kokoelmille. Uusien kokoelmien kerääminen saatiin kuitenkin nopeasti vauhtiin sen jälkeen, kun yliopisto siirrettiin Helsinkiin. Vuosien varrella kokoelmien sijoitus vaihteli yliopiston tiedekuntien alaisuudessa kunnes vuonna 1988 ne yhdistettiin Luonnontieteelliseksi keskusmuseoksi.
Keskusmuseo muodostettiin kahdessa vaiheessa: vuonna 1988 yhdistettiin Helsingin yliopiston eläin-, kasvi-, geologian ja paleontologian museot sekä ajoituslaboratorio. Kasvitieteellinen puutarha liitettiin mukaan vuonna 2004.
1988 Luonnontieteellinen keskusmuseo perustettiin. Samalla perustettiin yleinen osasto vastaamaan mm. yleisönäyttelyistä, viestinnästä ja hallinnosta.
1994 Luonnontieteellisen museon ensimmäinen suuri erikoisnäyttely oli dinosaurusnäyttely.
1996–1998 Kaisaniemen kasvitieteellisen puutarhan kasvihuoneet peruskorjattiin.
2004 Kaisaniemen kasvitieteellilen puutarha liitettiin osaksi keskusmuseota.
2005–2008 Luonnontieteellinen museo oli suljettuna remontin vuoksi, jonka jälkeen vuosittainen kävijämäärä kaksinkertaistui.
2009 Uusi yleisökohde Kumpulan kasvitieteellinen puutarha avautui.
2010 Luonnontieteellisen museon peruskorjauksen jäljiltä avattiin neljäs pysyvä näyttely, joka kertoo maailman luonnon monimuotoisuudesta.
2010 aloitettiin identiteettiprosessi, jonka myötä seuraavana vuonna otettiin käyttöön Luonnontieteellisen keskusmuseon uusi lyhytnimi LUOMUS.