Peruspääoman ja rahastojen lahjoitusrahastojen varat ovat Helsingin yliopiston ja sen rahastojen yhteisessä varainhoidossa. Yhteinen varainhoito tarkoittaa, että varat sijoitetaan kokonaisuutena. Yliopisto takaa lahjoitusvarojen pääomalle 4 % vuotuisen tuoton. Lahjoitusrahastoille maksettavasta tuotosta sekä mahdollisesta hoitopalkkiosta päättää yliopiston hallitus vuosittain tilinpäätöksen käsittelyn yhteydessä.
Rahastojen varoja sijoitetaan kiinteistöihin, Yliopiston apteekkiin, yliopiston omistamiin tutkimuslähtöisiin start up -yrityksiin ja arvopapereihin. Arvopaperisalkkuja hoidetaan ulkoisten salkunhoitajien kautta.
Vuonna 2017 lopussa Helsingin yliopiston lahjoitusvaroihin perustuvan omaisuuden ja Helsingin yliopiston lahjoitusrahastojen yhteenlaskettu arvo yli 400 miljoonaa euroa. Lahjoitusrahastoille maksettiin tuottoa keskimäärin 5 % pääomasta. Rahastot jakoivat apurahoja ja muuta tukea noin 600 000 eurolla ja rahoittivat lähes 100 professuuria ja muuta tehtävää. Helsingin yliopiston ja Helsingin yliopiston rahastojen tilinpäätökset
Helsingin yliopiston rahastot on yliopiston lahjoitusvaroista ja perinteisistä omista varoista muodostuva kirjanpidollinen kokonaisuus (omakatteinen rahasto), joka on osa Helsingin yliopisto -konsernia. Rahastoista säädetään yliopistolaissa (Yliopistolaki, 8. luku, 75 §). Rahastojen hallituksena toimii yliopiston hallitus. Rahastojen taloudesta ja toiminnasta laaditaan vuosittain tilinpäätös ja toimintakertomus.
Helsingin yliopisto on kerännyt varoja myös yliopiston (perus)pääomaan vuosina 2010-2011 ja 2014-2017 sekä vuonna 2020 alkaneella uudella valtion vastinrahakaudella, joka päättyy kesäkuussa 2022.
Jokaisella rahastolla on säännöt, joiden mukaan rahasto toimii. Rahastojen säännöt hyväksyy pääosin yliopiston kvestori. Säännöissä määrätään mm. rahaston tarkoituksesta sekä hoitokunnasta ja sen tehtävistä. Rahaston hoitokunta vastaa varojen käytöstä ja päättää hakuun avattavista apurahoista ja tuista. Rahastojen hoitokunnat nimittää yliopiston kvestori. Tieteenalakohtaisten rahastojen hoitokunnissa on kyseisen alan professoreita, tutkijoita ja opettajia, opiskelijoiden edustaja sekä yliopiston hallintohenkilökuntaa. Itsenäisten rahastojen hoitokunnissa on tieteen ja hallinnon edustajien lisäksi usein lahjoituksen tekijä tai hänen esittämänsä edustaja. Hoitokunta vastaa kyseisen rahaston varojen käytöstä.
Rahastojen hallituksena toimii Helsingin yliopiston hallitus. Päätökset rahastojen perustamisesta, säännöistä ja hoitokuntien nimittämisestä tekee pääosin yliopiston kvestori, joissakin tapauksissa rehtori. Yliopistopalvelut vastaa rahastojen hallinnosta ja toimii pääsääntöisesti lahjoitusrahastojen hoitokuntien sihteerinä. Yliopistopalvelujen Yhteiskuntasuhteet-yksikkö vastaa lahjoittajasuhteista, uusien rahastojen perustamisen valmistelusta, apurahahakujen valmistelusta, rahastojen vuosikirjan toimittamisesta ja rahastojen juhlan järjestämisestä. Taloushallinnosta ja lahjoitusvarojen sijoittamisesta vastaa kvestuuri.
Vuosina 2010-2011 Helsingin yliopisto keräsi varoja osaksi Helsingin yliopiston peruspääomaa. Varainhankinta liittyi valtion lupaukseen sijoittaa yliopistojen pääomaan 2,5 euroa jokaista yksityisesti lahjoitettua euroa kohti. Yliopiston peruspääomaan tehtiin kampanjan aikana lahjoituksia yli 18,2 miljoonaa euroa. Valtion 2,5-kertaisen pääomasijoituksen kanssa rahaston pääoma on noin 64 miljoonaa euroa. Peruspääomaan kuuluva lahjoitusvarojen kokonaisuus ei ole osa Helsingin yliopiston rahastot -alakonsernia vaan kuuluu yliopiston peruspääomaan. Peruspääomassa olevien lahjoitusvarojen kokonaisuuden vuosittaisen tuoton käytöstä päättää yliopiston rehtori.
Myös Helsingin yliopiston 375-Tulevaisuusrahasto on osa Helsingin yliopiston omaa pääomaa. Rahastoa ja sen yhteyteen perustettavia nimikkorahastoja (vähintään 10 000 euron lahjoitukseen perustuvat) hoidetaan osana yliopiston varainhoidon kokonaisuutta. Yksityisiin lahjoituksiin perustuvatvaltion vastinrahaohjelmaan perustuvat sijoitukset tehdään Helsingin yliopiston peruspääomaan, josta yliopisto käyttää aina vain sen tuottoa. Valtio maksoi vuosina 2014-2017 kerätyille varoille vastinrahaa 1,1 euroa jokaista kerättyä euroa kohti. Yhteensä kampanjan tulos oli noin 86,7 miljoonaa euroa.
Valtio pääomittaa yliopistoja myös vuosina 2020-2022. Pääomittamisen taustalla on Sitran hallintoneuvoston joulukuussa 2019 tekemä päätös myöntää 100 miljoonan euron kertaluonteinen tuki yliopistoille. Yliopistoille osoitetaan pääomaa tutkimuksen vaikuttavuuden kriteerien perusteella 33 miljoonaa euroa syksyllä 2020 ja valtion vastinrahaan oikeuttavan varainhankinnan perusteella 67 miljoonalla eurolla syksyllä 2022.
Peruspääoman lahjoitusvarojen tuoton käytöstä päätetään vuosittain osana yliopiston talouden ja toiminnan suunnittelua. Helsingin yliopiston ja Helsingin yliopiston rahastojen tilinpäätökset
Helsingin yliopistokonserni hyväksyi vuonna 2019 uudet Vastuullisen sijoitustoiminnan periaatteet. Helsingin yliopisto panosti vuoden aikana noin kaksi henkilötyövuotta vastuullisen sijoitustoiminnan edistämiseen. Vastuullisen sijoitustoiminnan vuosiraportissa kuvataan suoritettuja toimenpiteitä. Pääset lukemaan raporttia Tilinpäätökset ja muut talousjulkaisut -sivulta.