Tiedekunnan neljää laitosta johtaa johtaja, joka valitaan neljän vuoden toimikaudeksi. Laitosneuvosto on laitoksen monijäseninen hallintoelin, jonka puheenjohtajana toimii laitoksen johtaja. Aleksanteri-instituutin johtajan strategisena tukena on Aleksanteri-instituutin johtokunta ja operatiivisena tukena johtotiimi, johon kuuluvat johtajan ja varajohtajan lisäksi instituutin eri toiminnoista vastaavat päälliköt.

Filosofian, historian, kulttuurin ja taiteiden tutkimuksen laitos
Maailman kulttuurien laitos
Nykykielten laitos
Suomen kielen, suomalais-ugrilaisten ja pohjoismaisten kielten ja kirjallisuuksien laitos
Aleksanteri-instituutti