Tieteenalat eroavat toisistaan julkaisukäytännöiltään. Tieteenalat eroavat julkaisemisessa monin tavoin. Eroja on esimerkiksi julkaisutyypeissä, julkaisutahdissa, yhteisjulkaisujen määrässä sekä käytettyjen lähteiden määrässä ja iässä. Eri tieteenaloilla työskentelee myös eri määrä tutkijoita. Nämä erot vaikuttavat esimerkiksi julkaisujen ja saatujen viittausten määriin, ja ne näkyvät myös julkaisumetriikan indikaattoreissa. Kun käytetään julkaisumetriikkaa, on tärkeää huomioida nämä erot. Esimerkiksi eri tieteenaloilla toimivien yksiköiden julkaisumäärää ei voi suoraan verrata toisiinsa. Tietokantojen kattavuus vaihtelee eri tieteenaloilla. Käytetty tietokanta vaikuttaa indikaattoreiden arvoihin, eikä eri tietokannoista saatuja indikaattoreita voi verrata keskenään.