Helsingin yliopiston opetuksella, tutkimuksella ja kansainvälisellä vuorovaikutuksella on monisatavuotinen perinne. Yliopistolla on kautta historian ollut keskeinen merkitys suomalaisten sivistyksen, identiteetin ja hyvinvoinnin rakentajana.

Yliopisto perustettiin Kuninkaallisena Turun Akatemiana 26.3.1640. Akatemia sijoitettiin Turun katedraalikoulun tiloihin ja se oli vielä pieni ja vaatimaton, mutta 1700-luvun jälkipuolella jo tieteellisesti kansainvälisellä tasolla. Yliopisto sai 1809 nimekseen Keisarillinen Turun Akatemia, ja 1815 valmistui uusi akatemiatalo tuomiokirkkoa vastapäätä.

Kun yliopisto siirrettiin Helsinkiin vuoden 1828 aikana, muutettiin sen nimeksi Keisarillinen Aleksanterin yliopisto Suomessa. Keisari Aleksanteri I suosi yliopistoa uusilla viroilla ja kaksinkertaisilla määrärahoilla.  Tieteenalat erikoistuivat, uusia oppialoja syntyi ja erityisesti luonnontieteet kehittyivät. Ylioppilaita oli pitkään kirjoilla noin 400, mutta 1880-luvulta eteenpäin alkoi heidän määränsä kasvaa, ja vuoden 1900 jälkeen opiskelijamäärä kipusi yli tuhanteen.

Suomen itsenäistymisen jälkeen yliopiston nimi muutettiin Helsingin yliopistoksi. Yliopistolla oli keskeinen rooli nuoressa valtiossa, mutta myös muita korkeakouluja perustettiin: ensimmäisenä Teknillinen korkeakoulu 1908, Åbo Akademi 1919 ja Turun yliopisto 1921. Helsingin yliopisto on myös laajentunut jatkuvasti: nykyään yliopistossa on 11 tiedekuntaa ja lähes 40 000 opiskelijaa neljällä eri kampuksella.