Suomen ensimmäinen rokotus eli vaccinaatio annettiin vuonna 1802 eli vain neljä vuotta sen jälkeen, kun englantilainen lääkäri Edward Jenner oli julkaissut tutkimuksensa isorokkotartuntojen ennaltaehkäisemisestä lehmärokkoviruksen avulla. Tuohon aikaan joka kymmenes kuolintapaus Suomessa oli isorokon aiheuttama, joten tehokas menetelmä taudin torjumiseksi oli suuresti tarpeellinen. Koska rokotus nähtiin keskeisenä keinona edistää maan väestön- ja sitä myötä myös talouskasvua, otti Suomen Talousseura sen hoidettavakseen. Seuran aloitteesta lukkarit velvoitettiin rokottamaan väestöä.

Keisarillinen julistus siirsi rokotustoimen talousseuralta lääkintäviranomaisten vastuulle vuonna 1825. Maa jaettiin rokotuspiireihin, joita valvoivat piirilääkärit. Käytännön rokotustyötä hoitivat usein samat ihmiset kuin ennenkin: paitsi lääkärit, erityisesti lukkarit ja kätilöt. Papisto velvoitettiin antamaan rokottajille luettelot niistä rokottamattomista henkilöistä, jotka eivät olleet sairastaneet isorokkoa. Uusista säännöistä huolimatta hankalat välimatkat ja rokotteen huono saatavuus ja säilyvyys sekä vastustus hankaloittivat rokotuksen yleistymistä.

Vuosien 1885–1890 aikana Suomessa siirryttiin pakolliseen rokotukseen. Myös uusintarokotukset alkoivat yleistyä vuosisadan loppupuolella, millä oli ilmeisesti suuri merkitys isorokkokuolleisuuden vähenemisessä. Aikaisemmin oli virheellisesti uskottu, että rokotuksen antama suoja olisi elinikäinen.

Vuosisadan lopulla isorokkokuolleisuus romahti ja taudista tuli Suomessa harvinainen. Viimeinen epidemia koettiin vuonna 1936. Rokotuspakko oli Suomessa voimassa vuoden 1951 loppuun, ja vapaaehtoiset isorokkorokotukset jatkuivat 1970-luvulle saakka.

Kalevalan kerääjä Elias Lönnrot (1802–1884) toimi yli 20 vuotta piirilääkärinä Kajaanissa. Hän kiersi rokottamassa ja tarkastamassa rokotuksia kansan keskuudessa ja tallensi samalla kansanrunoutta.Suomen Talousseuran ensimmäinen yleinen rokottaja 1800-luvun alussa oli lääkäri Johan Agapetus Törngren (1772–1859). Kuvassa Törngrenin instrumenttikukkaro rokotusveitsineen.Isorokkopotilaita Savonlinnan kulkutautisairaalassa vuonna 1914.