Helsingin yliopistomuseolla on yliopiston päärakennuksessa pysyvä päänäyttely ”Ajattelun voimaa”. Sen lisäksi museo tuottaa aika ajoin tilapäisiä erikoisnäyttelyitä eri teemoista omissa tiloissaan, yliopiston kampuksilla tai ulkopuolisten yhteistyökumppanien tiloissa. Museon verkkosivuilla on lisäksi verkkonäyttelyitä.