Vuosina 2008-2013 elintarvikehygienian ja ympäristöterveyden osastolla toimi yhdessä eläinlääketieteellisten biotieteiden osaston kanssa Suomen Akatemian nimittämä Mikrobiologisen elintarviketurvallisuuden tutkimuksen huippuyksikkö.

Huippuyksikössä tutkittiin Elintarviketuotantoketjun – ruokaketjun – keskeisiä mikrobiologisia haasteita. Mikrobiologiset tekijät vaikuttavat oleellisesti elintarvikkeiden turvallisuuteen ja käyttökelpoisuuteen koko ruokaketjussa, alkutuotannosta kuluttajan terveyteen, "pellolta vatsaan". Kokonaisvaltainen lähestymistapa on välttämätön, kun kehitetään kestäviä mikrobiologisen riskinhallinnan ratkaisumalleja ja elintarviketurvallisuutta.