Tutkimusaiheena on mikrobilääkeresistenssin torjunta tuotantoeläimillä. Bakteerien vastustuskyky eli resistenssi mikrobilääkkeille on lisääntynyt maailmanlaajuisesti. Huolena ovat kaikille lääkkeille resistentit bakteerit, joihin ei ole tehokkaita lääkkeitä.

Tärkeimpänä taustatekijänä resistenssin kehittymiselle on mikrobilääkkeiden käyttö niin ihmisillä kuin eläimillä. Hankkeessa tutkitaan tuotantoeläimillä esiintyviä resistenttejä bakteereita; laajakirjoisia betalaktamaaseja tuottavia Escherichia coli ja metisilliinille resistenttejä Staphylococcus aureus bakteereita. Niiden leviämisreittejä elintarvikeketjussa tutkitaan mikrobiologisin tutkimuksin moderneja nykyaikaisia bakteereiden kokogenomivertailuun perustuvia menetelmiä käyttämällä. Hankkeessa tutkitaan erilaisten alkutuotannon tekijöiden vaikutusta kyseisten bakteerien syntymisen ja leviämisen torjumiseksi eläintuotannossa.

ELT Annamari Heikiheimon johtama hanke on Suomen Akatemian 'Tutkimuksella eteenpäin' kärkihanke, jossa selvitetään myös faagiterapian käyttöä eläinten MRSA- tartuntojen torjunnassa.