Anatomia ja kehitysbiologia
Tutkimme yksilönkehityksen aikaisia vuorovaikutuksia: Kolmiulotteisten anatomisten rakenteiden kehityksen säätelyä, immuunijärjestelmän kehitystä ja varhaisia vuorovaikutuksia eläimen ja mikrobiston välillä ,sekä verisolujen erilaistumista ja epigeneettistä säätelyä.
Luus­ton kol­miu­lot­tei­sen ra­ken­teen ke­hit­ty­mi­nen: sää­te­ly ja sai­rau­det

3D-mallintamisen ja röntgenkuviin perustuvan tutkimuksen avulla me voimme tuottaa uutta tietoa luuston morfologiasta normaalikehityksen aikana sekä kehityshäiriöiden yhteydessä. Tutkimuksemme pääkohteet ovat koirien lonkkanivelen kehityshäiriö sekä välimuotoinen lanne-ristinikama. Tutkimuksemme voi myös avata mahdollisuuksia kuvantamiskäytäntöjen kehitykselle. Tutkimme sairauksien perinnöllistä taustaa yhteistyössä professori Hannes Lohen koirien geenitutkimusryhmän kanssa.

Koiran lonkkanivelen kasvuhäiriö, eli lonkkaniveldysplasia, on koirien yleisin tuki- ja liikuntaelimistön kasvuhäiriö. Tämä sairaus on erityisen vakava ongelma eläinten hyvinvoinnille, sillä se aiheuttaa usein kipua ja saattaa rampauttaa eläimen tai johtaa sen lopettamiseen nuorena. Sairauden perinnöllinen tausta tunnetaan puutteellisesti. Lisäksi käytetyt diagnosointi- sekä kuvantamismenetelmät vaihtelevat maasta toiseen.

Välimuotoinen lanne-ristinikama on monilla koiraroduilla esiintyvä kehityshäiriö, joka ilmenee yhtenä tai useampana epänormaalina selkänikamana lanne-ristiluualueella. Välimuotoisessa nikamassa on havaittavissa sekä lannerangan että ristiluun nikaman piirteitä ja nämä morfologiset muutokset voivat olla symmetrisiä tai epäsymmetrisiä. Sairauden vakavimmassa muodossa yksi ristiluun nikama on muotoutunut sikiönkehityksen aikana ylimääräiseksi lannerangan nikamaksi, tai yksi lannerangan nikamista on sulautunut ylimääräiseksi ristiluun nikamaksi. Tämä kehityshäiriö altistaa lanne-ristiluuliitosalueen aikaiselle rappeutumiselle, mikä voi aiheuttaa kipuja takaselkään tai pahimmillaan takaraajojen halvausoireita. Lisäksi sen on todettu aiheuttavan toispuoleista lonkkaniveldysplasiaa niissä tapauksissa, joissa koiran seitsemäs lannenikama on luutunut ristiluuhun toispuoleisesti.

Alla kuvassa on ilmaisella Slicer-ohjelmistolla tuotettuja 3D-malleja koiran lantiosta. Vasemmalla koiran terve lantio, keskellä dysplastiset lonkat joissa uudisluunmuodostusta ja oikealla lanne-ristiluualueen epäsymmetrinen rakenteellinen muutos.

Katso myös esitykset Koirangeenit –sivuilla: lonkkanivelen kasvuhäiriöt ja välimuotoinen lanne-ristinikama.

Nau­dan im­muu­ni­jär­jes­tel­män ke­hi­tys

Vasta-aineita tuottavat B-solut ja immuunipuolustukselle tärkeä, valtavan laaja vasta-ainevalikoima syntyvät eri eläinlajeilla eri tavoin. Märehtijöillä on paljon vähemmän vasta-ainegeenejä kuin ihmisellä ja hiirellä, joten niiden on arveltu monimuotoistavan vasta-ainevalikoimaansa muutenkin kuin geenivalikoiman sekoittumisen avulla. Myös B-solujen tuotanto eroaa lajien välillä. Ohutsuolen loppupään massiivinen Peyerin levy on keskeinen B-solujen tuotantopaikka märehtijöillä, kun taas ihminen ja hiiri tuottavat B-solunsa luuytimessä.

Olemme tutkimuksissamme osoittaneet, että naudalla uusia B-soluja syntyy lähinnä sikiöaikana. Naudallakin ne saavat alkunsa luuytimessä, jossa vasta-ainegeenit muodostuvat useista vaihtoehtoisista palasista kuten ihmiselläkin. Olemme osoittaneet että naudan vasta-ainegeenivalikoima todellakin on hyvin niukka verrattuna esimerkiksi ihmiseen. Vasta-aineiden monimuotoisuutta kuitenkin lisää se, että naudalla palasten liitoskohtiin liittyy tai niistä poistuu hyvin runsaasti emäksiä. Tähän junktionaaliseen diversiteettiin vaikuttaa terminaalinen deoksinukleotidyylitransferaasi-entsyymi (TdT).

Luuytimestä nuoret B-solut kulkeutuvat ileumin Peyerin levyyn, jossa ne jakautuvat valtavasti, ja samalla vasta-ainegeeneihin syntyy mutaatioita. Tätä somaattista hypermutaatiota tapahtuu ihmisellä ja hiirellä lähinnä silloin, kuin aikuisen yksilön immuunijärjestelmä reagoi johonkin taudinaiheuttajaan. Nauta näyttää hyödyntävän hypermutaatiota jo sikiöaikana. Sikiössä toimii sama mutaatioita tuottava entsyymi, aktivaatio-indusoituva sytidiinideaminaasi (AICDA eli AID), joka muokkaa vasta-ainegeenejä immuunivasteen yhteydessä syntymän jälkeen.

Kuvassa on immunofluoresenssivärjäys naudan sikiön imusolmukkeesta. B-solut näkyvät punaisina, T-solut vihreinä ja TdT-entsyymi valkoisena.

Si­kiö­ai­kai­sen mik­ro­bis­ton ja ke­hit­ty­vän im­muu­ni­jär­jes­tel­män vuo­ro­vai­ku­tuk­set

Emän ja äidin mikrobisto vaikuttaa sikiön immuunijärjestelmän kehitykseen, vaikka aiemmin luultiin, että sikiö kehittyy kohdussa steriilissä ympäristössä. Sitä ei vielä tiedetä, pääseekö sikiöön eläviä mikrobeja, vai onko kyse lähinnä mikrobien aineenvaihduntatuotteista ja mikrobien kappaleista.

Me selvitämme sikiökautista mikrobistoa ja sen merkitystä erityisesti suolen immuunijärjestelmän kehitykselle naudalla ja muillakin kotieläimillä. Nauta on erityisen kiinnostava kohde näille tutkimuksille. Ruoansulatuskanavan mikrobisto on märehtijälle erityisen tärkeä, ja nauta tuottaa pääosan B-soluistaan suolistossa. Eläimillä asiaa on mahdollista tutkia perusteellisemmin kuin ihmisellä.

Tutkimme sikiöaikaista mikrobistoa sekä molekyylibiologian että perinteisen mikrobiologian keinoin. Selvitämme mikrobien kulkeutumisreittejä emästä sikiöön ja tutkimme varhaisen immuunijärjestelmän reaktioita niihin. Vertailemme eri eläinlajeja, joiden erilaiset istukat voivat vaikuttaa mikrobien kulkeutumiseen.

Hanke tuottaa uutta tietoa sikiöaikaisen mikrobiston luonteesta, muodostumisesta ja fysiologisesta merkityksestä. Se tuo uutta ymmärrystä varhaisiin isäntä/mikrobivuorovaikutuksiin ja suolistomikrobiston terveysvaikutuksiin. Varhainen mikrobisto saattaa aktivoida immuunijärjestelmää syntymän jälkeistä elämää varten. Se voi myös opettaa immuunijärjestelmää hyväksymään hyödylliset suolistomikrobit, niin ettei se turhaan hyökkää niiden kimppuun. Hyödyllisten ja vahingollisten mikrobien erottaminen on yksi toimivan immuunijärjestelmän tärkeimmistä tehtävistä, mutta se ymmärretään vielä huonosti.

Hanke auttaa myös nykyaikaista karjataloutta. Nuorten eläinten kuolleisuus suolistoinfektioihin ja maailmanlaajuiset ongelmat antibioottien käytössä vaativat uusia keinoja infektioiden ennaltaehkäisyyn. Näiden kehittäminen edellyttää varhaisten isäntä-mikrobivuorovaikutusten ymmärtämistä.

Pu­na­so­lu­jen eri­lais­tu­mi­sen epi­ge­neet­ti­nen sää­te­ly

DNA:n metylaatio on tärkeä geeniaktiivisuuksien säätelymekanismi. Kun geenin säätelyalueella tai geenin sisällä oleviin sytosiiniemäksiin liittyy metyyliryhmiä, geenin toiminta yleensä vaimentuu. Metylaatiokuviot muuttuvat esimerkiksi solujen erilaistuessa, kun geenejä kytkeytyy käyttöön ja pois käytöstä. Metylaatiohäiriöt liittyvät syövän kehitykseen.

Selvitämme DNA:n metylaatiota purkavia mekanismeja, jotka tunnetaan puutteellisesti. Keskitymme erityisesti punasolujen erilaistumiseen, jonka yhteydessä metylaatio muuttuu esimerkiksi hemoglobiinigeenien aktivoituessa, ja sikiöaikaisen hemoglobiinin (HBG) vaihtuessa aikuistyyppiseen hemoglobiiniin (HBA). Käytämme tutkimuksessa ihmisen erytroleukemiasoluja, jotka voidaan erilaistaa punasolusuuntaan soluviljelyolosuhteissa, ja uutta CRISPR-genomimuokkausteknologiaa, jolla voidaan tehokkaasti sammuttaa soluissa haluttuja geenejä. Tutkimme hemoglobiinigeenien säätelyä myös naudalla, jolla on ihmisen tapaan erillinen sikiöhemoglobiini, toisin kuin hiirellä.

Si­li­ko­ni­mal­lit mak­ros­koop­pi­sen ana­to­mian tut­ki­muk­sis­sa

Hyödynnämme nopeasti kovettuvia silikoniaineita luonnonvaraisten ja kotieläinten makroskooppisen anatomian tutkimuksessa. Morfologisen tiedon kerääminen luonnonvaraisista eläimistä on tärkeää evolutiivisten muutosten dokumentoimiseksi. Koska pehmytkudosrakenteita on hankalampi kerätä ja säilöä kuin esimerkiksi luurankoja, olemme valmistaneet silikonimalleja mm. ilveksen ja saimaannorpan hengitysteiden tutkimuksia varten sekä aasialaisen rottalajin moniosaisen mahan rakenteiden hahmottamiseksi. Paitsi tutkimuksessa, nämä mallit ovat suureksi avuksi myös opetuksessa havainnollistamaan erilaisia pehmytkudosrakenteita. Silikonimalleja voidaan käyttää mallina myös kolmiulotteisessa digitaalikuvantamisessa, jota on hyödynnetty oppiaineessamme mm. lehmän utareiden rakenteiden tutkimuksessa ja havainnollistamisessa opetustarkoituksiin.

Uta­re­tu­leh­duk­sen isän­tä-mik­ro­bi­vuo­ro­vai­ku­tuk­set

Utaretulehdus on taloudellisesti merkittävin lypsylehmien infektiosairaus. Streptococcus uberis ja useat stafylokokkilajit ovat yleisiä utaretulehduksen aiheuttajia. Tutkimuksissamme pyrimme selvittämään molekyyli- ja solubiologian, mikrobiologian sekä bioinformatiikan menetelmin utarepatogeenien infektiomekanismeja sekä niiden kykyä vastustaa naudan immuunipuolustusta.