Publications

See below for selected publications from the lab and previous work of Anna Vähärautio.

Inga-Maria Launonen, Iga Niemiec, María Hincapié-Otero, Erdogan Pekcan Erkan, Ada Junquera, Daria Afenteva, Matias M. Falco, Zhihan Liang, Matilda Salko, Foteini Chamchougia, Angela Szabo, Fernando Perez-Villatoro, Yilin Li, Giulia Micoli, Ashwini Nagaraj, Ulla-Maija Haltia, Essi Kahelin, Jaana Oikkonen, Johanna Hynninen, Anni Virtanen, Ajit J. Nirmal, Tuulia Vallius, Sampsa Hautaniemi, Peter K. Sorger, Anna Vähärautio*, Anniina Färkkilä* .
Cancer Cell 2024 , 42 (12): 2045-2063.e10.

*Corresponding authors.

 

Hwang S-M, Awasthi D, Jeong J, Sandoval TA, Chae C-S, Ramos Y, Tan C, Falco MM, Salvagno C, Emmanuelli A, McBain IT, Mishra B, Ivashkiv LB, Zamarin D, Cantillo E, Chapman-Davis E, Holcomb K, Morales DK, Yu X, Rodriguez PC, Conejo-Garcia JR, Kaczocha M, Vähärautio A, Song M&Cubillos-Ruiz JR*. . Nature 2024. 

 

Ianevski A, Nader K, Driva K, Senkowski W, Bulanova D, Moyano-Galceran L, Ruokoranta T, Kuusanmäki H, Ikonen N, Sergeev P, Vähä-Koskela M, Giri AK, Vähärautio A, Kontro M, Porkka K, Pitkänen E, Heckman CA, Wennerberg K, Aittokallio T*. . Nat Commun. 2024, 15: 8579.

 

Jamalzadeh S, Dai J, Lavikka K, Li Y, Jiang J, Huhtinen K, Virtanen A, Oikkonen J, Hietanen S, Hynninen J, Vähärautio A, Häkkinen A*, Hautaniemi S*. . BMC Cancer. 2024: 24:173.

 

Perkiö A, Pradhan B, Genc  F, Pirttikoski A, Pikkusaari S, Erkan EP, Falco MM, Huhtinen K, Narva S, Hynninen J, Kauppi L*, Vähärautio  A*. Scientific Reports 2024, 1;14:4322.

 

Sandoval TA, Salvagno C, Chae CS, Awasthi D, Giovanelli P, Marin Falco M, Hwang SM, Teran-Cabanillas E, Suominen L, Yamazaki T, Kuo HH, Moyer JE, Martin ML, Manohar J, Kim K, Sierra MA, Ramos Y, Tan C, Emmanuelli A, Song M, Morales DK, Zamarin D, Frey MK, Cantillo E, Chapman-Davis E, Holcomb K, Mason CE, Galluzzi L, Zhou ZN, Vaharautio A, Cloonan SM, Cubillos-Ruiz JR*.  Cancer Discovery 2024. 

 

Dai J, Zheng S, Falco MM, Bao J, Eriksson J, Pikkusaari S, Forsten S, Jiang J, Wang W, Gao L, Perez-Villatoro F, Dufva O, Saeed K, Wang Jr Y, Amiryousefi A, Färkkilä A, Mustjoki S, Kauppi L, Tang J*, Vähärautio A*.  Nature Communications 2024.

 

Senkowski W, Gall-Mas L, Falco MM, Li Y, Lavikka K, Kriegbaum MC, Oikkonen J, Bulanova D, Pietras EJ, Voßgröne K, Chen YJ, Erkan EP, Dai J, Lundgren A, Grønning Høg MK, Larsen IM, Lamminen T, Kaipio K, Huvila J, Virtanen A, Engelholm L, Christiansen P, Santoni-Rugiu E, Huhtinen K, Carpén O, Hynninen J, Hautaniemi S, Vähärautio A, Wennerberg K*. Developmental Cell 2023.     

 

Zhang K, Erkan EP, Jamalzadeh S, Dai J, Andersson N, Kaipio K, Lamminen T, Mansuri N, Huhtinen K, Carpén O, Hietanen S, Oikkonen J, Hynninen J, Virtanen A, Häkkinen A, Hautaniemi S*, Vähärautio A* Science Advances 2022. 

 

He L, Bulanova D, Oikkonen J, Häkkinen A, Zhang K, Zheng S, Wang W, Erkan EP, Carpén O, Joutsiniemi T, Hietanen S, Hynninen J, Huhtinen K, Hautaniemi S, Vähärautio A, Tang J, Wennerberg K, Aittokallio T*.  Briefings in bioinformatics 2021.

 

Hippen AA, Falco MM, Weber LM, Erkan EP, Zhang K, Doherty JA, Vähärautio A, Greene CS, Hicks SC*.. PLoS computational biology 2021.

 

Häkkinen A, Zhang K, Alkodsi A, Andersson N, Erkan EPDai J, Kaipio K, Lamminen T, Mansuri N, Huhtinen K, Vähärautio A, Carpén O, Hynninen J, Hietanen S, Lehtonen R, Hautaniemi S*. Bioinformatics 2021.

 

Tumiati M,* Hietanen S, Hynninen J, Pietilä E, Färkkilä A, Kaipio K, Roering P, Huhtinen K, Alkodsi A, Li Y, Lehtonen R, Pekcan Erkan E, M. Tuominen M, Lehti K, K. Hautaniemi S, Vähärautio A, Grénman S, Carpén O, Kauppi L*.  Clinical Cancer Research 2018. 

 

Launonen, I-M., Vähärautio, A., & Färkkilä, A*. Cold Spring Harbor Perspectives in Medicine. 2023.

 

Vähärautio A, Taipale J*. Science 2014.

 

Bonke M, Turunen M, Sokolova M, Vähärautio A, Kivioja T, Taipale M, Björklund M, Taipale J*. G3 2013.

 

Kivioja T‡, Vähärautio A, Karlsson K, Bonke M, Enge M, Linnarsson S, Taipale J*.  Nat Methods 2012. ‡- equal contribution.

 

Sur IK, Hallikas O, Vähärautio A, Yan J, Turunen M, Enge M, Taipale M, Karhu A, Aaltonen LA, Taipale J*. Science 2012.

 

 

 

 

PRE-PRINTS:

 

Patient-derived functional immuno-oncology platform identifies responders to ATR inhibitor and immunotherapy combinations in ovarian cancer

 

Multi-Omics Analysis Reveals the Attenuation of the Interferon Pathway as a Driver of Chemo-Refractory Ovarian Cancer