Publications

Selected publications

• Sanjaya, Maljanen, Katainen, Waszak, Genomics England Research Consortium, Aaltonen, Stegle, Korbel, Pitkänen. . Genome Medicine 15:47 (2023). doi:. [] []
• Timonen, Kerkelä, Impola, Penna, Partanen, Kilpivaara, Arvas, Pitkänen. Cytometry Part A (2023). doi: [] []
• Tagmazian, Schwarz, Lange, Pitkänen*, Vuoksimaa*. ArcheD, a residual neural network for prediction of cerebrospinal fluid amyloid-beta from amyloid PET images. European Journal of Neuroscience (2024). doi: [] []
• Pohjonen, Stürenberg, Rannikko*, Mirtti*, Pitkänen*, . iScience 25, 2 (2022). doi: 10.1016/j.isci.2022.103767 []
• The ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes Consortium, . Nature 578, 82-93 (2020). doi: 10.1038/s41586-020-1969-6.
• Katainen, Donner, Cajuso, Kaasinen, Palin, Mäkinen, Aaltonen, Pitkänen, . Nature Protocols 13, 2580 (2018). doi: 10.1038/s41596-018-0052-3.
• Kondelin, Gylfe, Lundgren, Tanskanen, Hamberg, Aavikko, Palin, Ristolainen, Katainen, Kaasinen, Taipale, Taipale, Renkonen-Sinisalo, Järvinen, Böhm, Mecklin, Vahteristo, Tuupanen, Aaltonen, Pitkänen, . Cancer Research 77, 4078–4088 (2017). doi: 10.1158/0008-5472.CAN-17-0682.

Manuscripts

• Tagmazian, A. A.#, Schwarz, C., Lange, C., Pitkänen, E.#, Vuoksimaa, E.# petVAE: A Data-Driven Model for Identifying Amyloid PET Subgroups Across the Alzheimer′s Disease Continuum. biorXiv (2026). doi: 10.64898/2026.02.02.703218. []
• Sanjaya, P., Pitkänen E. . medRxiv (2026). doi: 10.64898/2026.03.02.26347318. []
• Sanjaya, P., Pitkänen E. . bioRxiv (2026). doi: 10.64898/2026.04.01.715762. []
• Koski, Patel, Kakko von Koch, Jouhten, Aaltonen, Palin#, Sahu#, Pitkänen#. . bioRxiv (2025). doi:10.1101/2025.10.31.685820. []
• Langohr*, Kaaja*, Douglas, Nebelung, Koski, Ikonen, Katainen, Maljanen, Hakkarainen, Räisänen, Niinimäki, Kakko, Siitonen, Adhikari, Vähä-Koskela, Heckman, Lahtela, Wartiovaara-Kautto#, Pitkänen#, Kilpivaara#. . medRxiv (2025). doi:10.1101/2025.09.11.25335313. []
• Koski, Langohr, Räisänen, Lahtinen, Hakkarainen, Heckman,  Wartiovaara-Kautto#, Pitkänen#, Kilpivaara#. . medRxiv (2024). doi: 2024.10.23.24315723. []
• Högel-Starck*, Timonen*, Atarsaikhan, Mogollon, Polso, Hassinen, Honkanen, Soini, Ruokoranta, Ahlnas, Juvila, Miettinen, Rodosthenous, Arvas, FinnGen, Heckman, Partanen, Daly, Palotie, Paavolainen#, Pietiäinen#, Pitkänen#. . bioRxiv (2024). doi:10.1101/2024.05.17.594648. []
• Pohjonen*, Batouche*, Rannikko, Sandeman, Erickson, Pitkänen**, Mirtti**. HistoEncoder: a digital pathology foundation model for prostate cancer. arXiv (2024). doi:10.48550/arXiv.2411.11458. []
• Pohjonen, Stürenberg, Föhr, Pitkänen*, Rannikko*, Mirtti*. arXiv (2022). doi:10.48550/arXiv.2206.15274. []

Reviews

• Meriranta, Pitkänen, Leppä. . Seminars in Hematology (2023).
• Ji, Li, Sun, Dong, Taalas, Zhang, Wu, Pitkänen, Marttinen. . ACM Computing Surveys (2024).

All publications in and .