Publications and manuscripts of the Machine Learning in Biomedicine group
Selected publications
- Sanjaya, Maljanen, Katainen, Waszak, Genomics England Research Consortium, Aaltonen, Stegle, Korbel, Pitkänen. . Genome Medicine 15:47 (2023). doi:. [] []
- Timonen, Kerkelä, Impola, Penna, Partanen, Kilpivaara, Arvas, Pitkänen. Cytometry Part A (2023). doi: [] []
- Tagmazian, Schwarz, Lange, Pitkänen*, Vuoksimaa*. ArcheD, a residual neural network for prediction of cerebrospinal fluid amyloid-beta from amyloid PET images. European Journal of Neuroscience (2024). doi: [] []
- Pohjonen, Stürenberg, Rannikko*, Mirtti*, Pitkänen*, . iScience 25, 2 (2022). doi: 10.1016/j.isci.2022.103767 []
- The ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes Consortium, . Nature 578, 82-93 (2020). doi: 10.1038/s41586-020-1969-6.
- Katainen, Donner, Cajuso, Kaasinen, Palin, Mäkinen, Aaltonen, Pitkänen, . Nature Protocols 13, 2580 (2018). doi: 10.1038/s41596-018-0052-3.
- Kondelin, Gylfe, Lundgren, Tanskanen, Hamberg, Aavikko, Palin, Ristolainen, Katainen, Kaasinen, Taipale, Taipale, Renkonen-Sinisalo, Järvinen, Böhm, Mecklin, Vahteristo, Tuupanen, Aaltonen, Pitkänen, . Cancer Research 77, 4078–4088 (2017). doi: 10.1158/0008-5472.CAN-17-0682.
Manuscripts
- Langohr*, Kaaja*, Douglas, Nebelung, Koski, Ikonen, Katainen, Maljanen, Hakkarainen, Räisänen, Niinimäki, Kakko, Siitonen, Adhikari, Vähä-Koskela, Heckman, Lahtela, Wartiovaara-Kautto**, Pitkänen**, Kilpivaara**. . medRxiv (2025). doi:10.1101/2025.09.11.25335313. []
- Koski, Langohr, Räisänen, Lahtinen, Hakkarainen, Heckman, Wartiovaara-Kautto*, Pitkänen*, Kilpivaara*. . medRxiv (2024). doi: 2024.10.23.24315723. []
- Högel-Starck*, Timonen*, Atarsaikhan, Mogollon, Polso, Hassinen, Honkanen, Soini, Ruokoranta, Ahlnas, Juvila, Miettinen, Rodosthenous, Arvas, FinnGen, Heckman, Partanen, Daly, Palotie, Paavolainen**, Pietiäinen**, Pitkänen**. . bioRxiv (2024). doi:10.1101/2024.05.17.594648. []
- Pohjonen*, Batouche*, Rannikko, Sandeman, Erickson, Pitkänen**, Mirtti**. HistoEncoder: a digital pathology foundation model for prostate cancer. arXiv (2024). doi:10.48550/arXiv.2411.11458. []
- Pohjonen, Stürenberg, Föhr, Pitkänen*, Rannikko*, Mirtti*. arXiv (2022). doi:10.48550/arXiv.2206.15274. []
Reviews
- Meriranta, Pitkänen, Leppä. . Seminars in Hematology (2023).
- Ji, Li, Sun, Dong, Taalas, Zhang, Wu, Pitkänen, Marttinen. . ACM Computing Surveys (2024).
All publications in and .