Publications

Publications of the Biophysical Chemistry research group
Peer-reviewed publications



R. Nencini and O.H. Samuli Ollila

Journal of Physical Chemistry B, accepted (2022)



H. Antila, B. Kav, M. S. Miettinen, H. Martinez-Seara, P. Jungwirth, and O. H. Samuli Ollila

Journal of Physical Chemistry B, 126 4169 (2022)



C. Tempra, O. H. Samuli Ollila, and M. Javanainen

Journal of Chemical Theory and Computation, 18 1862 (2022)



H. Antila, A. Wurl, O. H. Samuli Ollila, M. S. Miettinen and T. M. Ferreira

Biophysical Journal, 121 68 (2022)



A. Bacle, P. Buslaev, R. Garcia-Fandino, F. Favela-Rosales, T. M. Ferreira, P. F. J. Fuchs, I. Gushchin, M. Javanainen, A. M. Kiirikki, J. J. Madsen, J. Melcr, P. M. Rodríguez, M. S. Miettinen, O. H. Samuli Ollila, C. G. Papadopoulos, A. Peón, T. J. Piggot, A. Pineiro, and S. I. Virtanen

Journal of American Chemical Society 143, 13701–13709 (2021)



H. S. Antila, T. M. Ferreira, O. H. Samuli Ollila, M. S. Miettinen

Journal of chemical information and modeling 61, 938-949 (2021)



H. M. Beyer, S. I. Virtanen, A. S. Aranko, K. M. Mikula, G. T. Lountos, A. Wlodawer, O. H. Samuli Ollila and H. Iwaï

International Journal of Molecular Sciences, 21, 8367 (2020)



S. I. Virtanen, A. M. Kiirikki, K. M. Mikula, H. Iwaı ̈and O. H. Samuli Ollila

Physical Chemistry Chemical Physics, 22, 21185-21196 (2020)



M. Javanainen, O. H. Samuli Ollila and H. Martinez-Seara

The Journal of Physical Chemistry B, 124, 2994-3001 (2020)



A. Ciragan, S. M. Backlund, K. M. Mikula, H. M. Beyer, O. H. Samuli Ollila and H. Iwaı̈

Frontiers in Chemistry, 8, 136 (2020)



J. Melcr, T. M. Ferreira, P. Jungwirth and O.H. Samuli Ollila

J. Chem. Theory Comp., 16, 738-748 (2020)



H. S. Antila, P. Buslaev, F. Favela-Rosales, T. M. Ferreira, I. Gushchin, M. Javanainen, B. Kav,

J. J. Madsen, J. Melcr, M. S. Miettinen, J. Määttä, R. Nencini, O.H. Samuli Ollila and T. J. Piggot

J. Phys. Chem. B, 123, 9066-9079 (2019)



M. J. Abraham, R. P. Apostolov, J. Barnoud, P. Bauer, C. Blau, A. Bonvin, M. Chavent,

J. D. Chodera, K. Č. Čondić-Jurkić, L. Delemotte, H. Grubmüller, R. J. Howard, E. J. Jordan,

E. Lindal, O.H. Samuli Ollila, J. Selent, D. Smith, P. J. Stansfeld, J. Tiemann, M. Trellet, C. J. Woods, A. Zhmurov

J Chem. Inf. Model, 59, 4093-4099 (2019)



J. S. Oeemig, O. H. S. Ollila and H. Iwaï

PeerJ, 6:e5412, DOI:10.7717/peerj.5412 (2018)



O.H. S. Ollila, H. A. Heikkinen and H. Iwaï

J. Phys. Chem. B, 122, 6559-6569 (2018)



J. Melcr, H. Martinez-Seara, R. Nencini, J. Kolafa, P. Jungwirth and O. H. S. Ollila

J. Phys. Chem. B, 122, 4546-4557 (2018)



S. Timr, J. Kadlec, P. Srb, O. H. S. Ollila and P. Jungwirth

J. Phys. Chem. Lett., 9, 1613-1619 (2018)



M. Javanainen, A. Lamberg, L. Cwiklik, I. Vattulainen, and O.H. S. Ollila

Langmuir, 34, 2565-2572 (2018)



A. Catte, M. Girych,M. Javanainen, C. Loison, J. Melcr, M. S. Miettinen, L. Monticelli,

J. Määttä, V. S. Oganesyan, O. H. S. Ollila, J. Tynkkynen and S. Vilov

Physical Chemistry Chemical Physics, 18, 32560 (2016)



T. M. Ferreira, R Sood, R. Bärenwald, G. Carlström, D. Topgaard,

K. Saalwächter, P. K. J. Kinnunen and O. H. S. Ollila

Langmuir, 32, 6524 (2016)



O. H. S. Ollila and G. Pabst

Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes, 1858, 2512 (2016)



A. Botan, F. Favela-Rosales, P. Fuchs, M. Javanainen, Matej Kanduc, W. Kulig,

A. Lamberg, C. Loison, A. Lyubartsev, M. S. Miettinen, L. Monticelli, J. Määttä,

O. H. S. Ollila, M. Retegan, T. Rog, H. Santuz and J. Tynkkynen

The Journal of Physical Chemistry B, 119, 15075 (2015)



T. M. Ferreira, O. H. S. Ollila, R. Pigliapochi, A. P. Dabkowska, and D. Topgaard

The Journal of Chemical Physics, 142, 044905 (2015)

Comment on "Structural Properties of POPC Monolayers under Lateral Compression:

Computer Simulations Analysis"

A. Lamberg and O. H. S. Ollila

Langmuir, 31, 886-887 (2015)



M. Dekany Franova, I. Vattulainen and O. H. S. Ollila

Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes, 1838, 1406-1411 (2014)



T. M. Ferreira, D. Topgaard and O. H. S. Ollila

Langmuir, 30, 461-469 (2014)

1H-13C CP and INEPT in a glass-forming lamellar liquid crystal with

dynamics from nano- to milliseconds

A. Nowacka, N. Bongartz, O. H. S. Ollila, T. Nylander, and D. Topgaard

Journal of Magnetic Resonance, 230, 165-175 (2013)

Interfacial properties of high density liporotein-like

lipid droplets with different lipid and apoA-I compositions

A. Koivuniemi, M. Sysi-Aho, M. Oresic and O. H. S. Ollila

Biophysical Journal, 104, 2193-2201 (2013)

1H-13C NMR studies and MD simulations of lipid bilayer order

in 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine membranes containing cholesterol

T. M. Ferreira, F. Coreta-Gomes, O. H. S. Ollila, M. J. Moreno, W. L. C. Vaz, and D. Topgaard

Physical Chemistry Chemical Physics, 15, 1976-1989 (2013)



O. H. S. Ollila, A. Lamberg, M. Lehtivaara, A. Koivuniemi, and I. Vattulainen

Biophysical Journal, 103, 1236-1244 (2012)



O. H. S. Ollila, M. Louhivuori, S. J. Marrink, and I. Vattulainen

Biophysical Journal, 100, 1651-1659 (2011)



in Molecular Simulations and Biomembranes: From Biophysics to Function

edited by M. Sansom and P. Biggin, Royal Society of Chemistry (2010)

O. H. S. Ollila and I. Vattulainen



K. Lähdesmäki, O. H. S. Ollila, A. Koivuniemi, P. T. Kovanen, M. T. Hyvönen

Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes, 1798, 938-946 (2010)

,

O. H. S. Ollila, H. J. Risselada, M. Louhivuori, E. Lindahl, I. Vattulainen and S. J. Marrink

Physical Review Letters 102,078101 (2009)

Infuence of Ethanol on Lipid Membranes: From Lateral Pressure Proles to

Dynamics and Partitioning.

E. Terama, O. H. S. Ollila, E. Salonen, A. Rowat, C. Trandum, P. Westh, M. Patra,

M. Karttunen, and I. Vattulainen.

Journal of Physical Chemistry B 112, 4131-4139 (2008).

Polyunsaturation in lipid membranes - dynamic properties and

lateral pressure proles.

O. H. S. Ollila, M.T. Hyvönen, and I. Vattulainen,

Journal of Physical Chemistry B 111, 3139-3150 (2007)

Role of sterol type on lateral pressure proles of lipid

membranes affecting membrane protein functionality: Comparison

between cholesterol, desmosterol, 7-dehydrocholesterol and

ketosterol.

O. H. S. Ollila, T. Rog, M. Karttunen, and I. Vattulainen,

Journal of Structural Biology 159, 311-323 (2007)

Assessing the Nature of Lipid Raft Membranes

P. Niemelä, O. H. S. Ollila, M.T. Hyvönen, M. Karttunen, and I. Vattulainen,

PLoS Computational Biology 3, 304-312 (2007)

Free Volume Properties of Sphingomyelin, DMPC, DPPC, and PLPC Bilayers.

M. Kupiainen, E. Falck, S. Ollila, P. Niemelä, A. Gurtovenko,

M.T. Hyvönen, M. Patra, M. Karttunen, and I. Vattulainen,

Journal of Computational and Theoretical Nanoscience 2, 401-413 (2005)

Other publications



H. Laine, L. Lahti, A. Lehto, O. H. S. Ollila and M. Miettinen

AcademicMindTrek '15 Proceedings of the 19th International Academic Mindtrek Conference,

Pages 202-205, Tampere, Finland, September 22-24, 2015



Response of the hydrophilic part of lipid membranes to changing conditions -

a critical comparison of simulations to experiments.

O. H. Samuli Ollila,

arXiv:1309.2131v1 (2013)

This publication initiated the NMRlipids project.

Theses



O. H. Samuli Ollila,

Ph.D. Thesis, Tampere University of Technology (2010)





O. H. Samuli Ollila,

Master Thesis, Helsinki University of Technology (2006)