Publications

The research group publications are listed below.
Main recent research outcomes

Agrawal, V., Peters, J., Thompson, T.N., Sanian, M.V., Pham, C., Moshkov, N., Kazi, A., Pillai, A., Freeman, J., Kang, B., Farhi, S.L., Fraenkel, E., Stewart, R., Paavolainen, L., Plummer, B.A. & Caicedo, J.C. (2025). . arXiv: 2512.20833.

Sanian, M.V., Hemmat, A., Vahidi, A., Maaskola, J., Lee, J.T.H., Makarchuk, S., Demirci, Y., Chipampe, H.-J., Haniffa, M., Bayraktar, O., Paavolainen, L. & Lotfollahi, M. (2025). . arXiv: 2511.14613.

Atarsaikhan, G., Mogollon, I., Välimäki, K., iCAN, Mirtti, T., Pellinen, T. & Paavolainen, L. (2025). . bioRxiv: 2025.03.05.640729.

Lahtiharju, T., Paavolainen, L., Suvisaari, J., Nokelainen, P., Rotgers, E., Anttonen, M. & Itkonen, O. (2025). . Clinica Chimica Acta 567(1): 120086.

Mogollon, I., Feodoroff, M., Neto, P., Montedeoca, A., Pietiäinen, V. & Paavolainen, L. (2024). . bioRxiv: 2024.09.08.611898.

Högel-Starck, C., Timonen, V.A., Atarsaikhan, G., Mogollon, I., Polso, M., Hassinen, A., Honkanen, J., Soini, J., Ruokoranta, T., Ahlnas, T., Juvila, J., Miettinen, J.J., Rodosthenous, R., Arvas, M., FinnGen, Heckman, C.A., Partanen, J., Daly, M., Palotie, A., *Paavolainen, L., *Pietiäinen, V. & *Pitkanen, E. (2024). . bioRxiv: 2024.05.17.594648.

Atarsaikhan, G., Mogollon, I., Välimäki, K., Pellinen, T., Mirtti, T. & Paavolainen, L. (2023). . NeurIPS 2023 Workshop: Self-Supervised Learning - Theory and Practice: 76.

Fonnegra, R., Sanian, M., Chen, Z., Paavolainen, L. & Caicedo, J. (2023). . NeurIPS 2023 Generative AI and Biology (GenBio) Workshop: 82.

Pietiäinen, V., Polso, M., Migh, E., Guckelsberger, C., Harmati, M., Diosdi, A., Turunen, L., Hassinen, A., Potdar, S., Koponen, A., Sebestyen, E.G., Kovacs, F., Kriston, A., Hollandi, R., Burian, K., Terhes, G., Visnyovszki, A., Fodor, E., Lacza, Z., Kantele, A., Kolehmainen, P., Kakkola, L., Strandin, T., Levanov, L., Kallioniemi, O., Kemeny, L., Julkunen, I., Vapalahti, O., Buzas, K., Paavolainen, L., Horvath, P. & Hepojoki, J. (2023). . Cell Reports Methods, 3(8): 100565.

Pellinen, T., *Paavolainen, L., *Martín-Bernabé, A., Papatella Araujo, R., Strell, C., Mezheyeuski, A., Backman, M., La Fleur, L., Brück, O., Sjölund, J., Holmberg, E., Välimäki, K., Brunnström, H., Botling, J., Moreno-Ruiz, P., Kallioniemi, O., Micke, P. & Östman, A. (2023). . Journal of the National Cancer Institute, 115(1): 71–82.

All publications