After Steppan, 1996, McKenna & Bell, 1997, and Weksler, 2003, with recent species from Nowak, 1991

<==o Oryzomyini Vorontsov, 1959
   |?-o †Megalomys Truessart, 1881 [taxonomic history] Pleist.-R. W.Ind., Pleist. NSA. [Santa Lucia & Martinique, extinct since 19th century]
   |  |-- †M. desmarestii
   |  `-- †M. luciae
   |--o Scolomys Anthony, 1924; R. SA.
   |  |-- S. melanops (ecuadorinpiikkihiiri)
   |  `-- S. ucayalensis
   |--o Zygodontomys J.A. Allen, 1897; Pleist.-R. SA., R. CA.
   |  |-- Z. brevicauda
   |  |-- Z. reigi
   |  `-- Z. brunneus
   `--+--+--o Oryzomys albigularis -species group
      |  |  `-- Oryzomys albigularis
      |  |--+--o Oryzomys megacephalus -species group
      |  |  |  `-- Oryzomys megacephalus
      |  |  `--o Oryzomys yunganus -species group
      |  |     `-- Oryzomys yunganus
      |  |--+--o Handleyomys Voss, Gomez-Laverde & Pacheco, 2002
      |  |  |  |-- H. fuscatus (Allen, 1912) [Aepeomys fuscatus Allen, 1912]
      |  |  |  `-- H. intectus (Thomas, 1921) [Oryzomys intectus]
      |  |  `--+--o Oryzomys alfaroi -species group
      |  |     |  `-- Oryzomys alfaroi
      |  |     `--o Oryzomys melanotis -species group
      |  |        `-- Oryzomys melanotis
      |  |--+-- Oryzomys talamancae
      |  |  `--o Oryzomys nitidus -species group
      |  |     |?- O. nitidus
      |  |     |-- Oryzomys macconnelli
      |  |     `--+-- Oryzomys lamia
      |  |        `-- Oryzomys russatus
      |  `--o Oecomys Thomas, 1906 [Oryzomys (Oecomys) Thomas, 1906] R. CA. SA.
      |     |?- O. cleberi
      |     |?- O. flavicans
      |     |?- O. paricola
      |     |?- O. phaeotis
      |     |?- O. rex
      |     |?- O. roberti
      |     |?- O. rutilus
      |     |?- O. speciosus
      |     |?- O. superans
      |     |-- O. bicolor
      |     |-- O. catharinae
      |     `--+-- O. trinitatis
      |        `--+-- O. concolor
      |           `-- O. mamorae
      `--+--+-- Oligoryzomys Bangs, 1900 [ Oryzomys (Oligoryzomys) Bangs, 1900] Pleist.-R. SA., R. CA.
         |  `--+--o Neacomys 
         |     |  |?- N. guianae
         |     |  |?- N. pictus
         |     |  |?- N. tenuipes
         |     |  |-- N. spinosus
         |     |  `--+-- N. minutus
         |     |     `-- N. musseri
         |     `--+-- Oryzomys balneator
         |        `--o Microryzomys Thomas, 1917 [incl. Thallomyscus Thomas, 1926] [Oryzomys (Microryzomys) Thomas, 1917]
         |           |-- M. minutus
         |           `?- M. altissimus
         `--+-- Oryzomys polius
            `--+-- Oryzomys angouva
               |-- Oryzomys subflavus
               |--+-- †Lundomys molitor Voss & Carleton, 1993; U.Pleist.-R. SA.
               |  `--+--o Pseudoryzomys Hershkovitz, 1959; Pleist.-R. SA.
               |     |  |-- P. wavrini
               |     |  `-- P. simplex
               |     `--o Holochilus Brandt, 1835 [Mus (Holochilus) Brandt, 1835; Holochyse Lesson, 1842] M.Pleist.-R. SA.
               |        |-- †H. primigenus Steppan, 1996
               |        `--+-- H. brasiliensis
               |           |-- H. sciureus[ssp. => H. brasiliensis??]
               |           |-- H. chacarius[ssp. => H. brasiliensis??]
               |           `-- H. magnus
               `--+--+-- Amphinectomys savamis Malygin, Aniskin, Isaev & Milishnikov, 1994; R. SA.
                  |  `--o Nectomys Peters, 1861 [incl. Cercomys F.Cuvier, 1829 (a chimera)] Pleist.-R. SA. [sgen.=> Oryzomys?]
                  |     |-- N. squamipes
                  |     |?- N. parvipes (eteläamerikanvesirotta)
                  |     `?- ?N. palmipes
                  |--o Oryzomys palustris -species group [Oryzomys sensu stricto (Weksler, 2003)] 
                  |  |-- Oryzomys couesi
                  |  `--o Oryzomys palustris (suoriisirotta)
                  |     |-- †O. p. antillarum Thomas, 1898 [O. antillarum]
                  |     `-- O. p. palustris
                  `--+-- Oryzomys xantheolus
                     `--+--o Nesoryzomys Heller, 1904; R. W.Pac.
                        |  |-- N. darwini
                        |  |-- N. fernandinae
                        |  |-- N. indefessus
                        |  `-- N. swarthi
                        `--+-- Sigmodontomys alfari J.A. Allen, 1897; R. CA. SA. [Oryzomys (Sigmodontomys)  J.A. Allen, 1897]
                           `--o Melanomys Thomas, 1902; R. CA. [Oryzomys (Melanomys) Thomas, 1902]
                              |-- M. caliginosus
                              |?- M. robustulus
                              `?- M. zunigae

Oryzomyini not treated by Weksler, 2003

    Microakodontomys transitorius Hershkovitz 1993; R. SA.
    Oryzomys Baird, 1857 [Hesperomys (Oryzomys) Baird, 1857] [incl. Micronectomys Hershkovitz, 1948 (nomen nudum); Macruroryzomys Hershkovitz, 1948 (nomen nudum)] ?U.Mioc.-R. NA. Pleist.-R. SA., R. CA. W.Ind., R. Pac. (Rice rats; riisirotat)
        O. aphrastus
        O. argentatus
        O. auriventer
        O. bolivarae
        O. buccinatus
        O. capito
        O. caudatus
        O. chapmani
        O. devius
        O. dimidiatus
        O. fulgens
        O. galapagoensisO. g. galapagoensis
            O. g. bauri
        O. gorgasi
        O. hammondi
        O. intermedius
        O. keaysi
        O. kelloggi
        O. legatus
        O. levipes
        O. melanostoma
        O. nelsoni
        O. oniscusO. pliocaenicus
        O. ratticeps
        O. rhabdops
        O. rostratus
        O. saturatior

Reference(s):