After Harvey & Gutberlet Jr., 2000, with Recent species from Uetz, Etzold & Chenna, 1995-2000 [“The TIGR Reptile Database ” (former EMBL Reptile Database)]

<==o Tropidurinae
   |-- Stenocercus [Ophryoessoides, Proctotretus] [51]
   `--o Tropidurini
      |--+-- Plesiomicrolophus koepckeorum
      |  `--o Microlophus
      |     |?- M. albemarlensis
      |     |?- M. atacamensis
      |     |?- M. bivittatus
      |     |?- M. delanonis
      |     |?- M. duncanensis
      |     |?- M. grayii
      |     |?- M. habelii
      |     |?- M. heterolepis
      |     |?- M. occipitalis
      |     |?- M. pacificus
      |     |?- M. quadrivittatus
      |     |?- M. stolzmanni
      |     |?- M. tarapacensis
      |     |?- M. theresioides
      |     |?- M. thoracicus
      |     |?- M. tigris
      |     |?- M. yanezi
      |     `--+-- M. peruvianus
      |        `-- M. theresiae
      `--o Tropidurus [Tapinurus, Plica, Uracentron, Platynotus, Strobilurus]
         |?- T. amathites
         |?- T. catalanensis
         |?- T. chromatopus
         |?- T. cocorobensis
         |?- T. divaricatus
         |?- T. etheridgei
         |?- T. guarani
         |?- T. helenae
         |?- T. lumarius
         |?- T. pinima
         |?- T. plica
         |?- T. psammonastes
         `--+-- T. nanuzae
            `--+-- T. hygomi
               `--+-- T. oreadicus
                  `--+-- T. hispidus
                     |-- T. insulanus
                     `--+--+-- T. erythrocephalus
                        |  `-- T. itambere
                        `--+-- T. montanus
                           `--+-- T. mucujensis
                              |-- T. torquatus
                              `--+--+-- T. bogerti
                                 |  `-- T. semitaeniatus
                                 `--+--+-- T. melanopleurus
                                    |  `-- T. callathelys
                                    `--+--+-- T. spinulosus
                                       |  `-- T. xanthochilus
                                       `--+-- T. strobilurus
                                          `--+--+-- T. umbra
                                             |  `-- T. superciliosus [Uranoscodon]
                                             `--+-- T. azureus
                                                `-- T. flaviceps

Reference(s):