Sienten vertailevan genomitutkimuksen keskus (SVGK)
Sienet vaikuttavat viljelykasvien kasvuun ja terveyteen monilla tavoin. Osa sienistä aiheuttaa kasvitauteja, tuottaa ihmiselle ja eläimille myrkyllisiä yhdisteitä kasvituotteisiin, tai lahottaa puutavaraa ja rakennuksia. Toiset taas estävät taudinaiheuttajien tartunnan virittämällä kasvin puolustusta. Symbionttiset sienet (mykorritsat) edistävät kasvien kasvua hormoniensa tai kasvien ravinteidenottoa edistävän vaikutuksensa avulla. Suuri merkitys sienillä on myös lahottajina, jotka ovat välttämättömiä orgaanisen aineksen mineralisoimiseksi sekä vaikuttavat keskeisesti hiilen kiertokulkuun luonnossa.
Kaikilla näillä sienillä on erojensa lisäksi monia yhteneväisyyksiä. Monet eläinten ja ihmisen sienipatogeenit ovat varsin samanlaisia kuin kasvitaudinaiheuttajat. Siten sienten genomien vertaileva tutkimus tuottaa tietoa erilaisissa elinkierroissa ja isäntä-sieni-suhteissa tarvittavista geeneistä, niiden toiminnasta ja säätelystä sekä evoluutiosta, mitä on sienillä tutkittu vähän niiden suureen lukumäärään ja monimuotoisuuteen suhteutettuna.
Uusimpien sekvensointimenetelmien ansiosta sienten genomien ja ilmentyvien geenien määritys sekvenssitasolla nopeutuu jatkuvasti ja tulee hinnaltaan yhä edullisemmaksi. Tiedon tehokas hyödyntäminen biologisen perustietämyksen kartuttamiseksi, tautien torjunnan tehostamiseksi sekä sienten hyödyllisten yhdisteiden käyttämiseksi bioteollisuudessa edellyttää vahvaa bioinformatiikan osaamista ja kehittämistä sekä uusien osaajien kouluttamista, mikä on tässä hankkeessa perustettavan Sienten vertailevan genomitutkimuksen keskuksen (SVGK) päämääränä.
Hankkeen tavoitteena on luoda sienten ja erityisesti niiden taudinaiheuttamismekanismien vertailevaan genomitutkimukseen kohdistuva osaamiskeskittymä. Se yhdistää kaksi tutkimusaluetta: sienten vertailevan genomitutkimuksen, sekä patogeenisuutta säätelevien geneettisten tekijöiden vertailun (modernein bioinformatiikan) menetelmin, joita kehitetään edelleen hankkeessa
Lisätietoja:
Akatemiaprofessori, kasvipatologian professori Jari P.T. Valkonen, Maataloustieteiden laitos, Helsingin yliopisto, p. 09-19158387, e-mail: jari.valkonen@helsinki.fi
Metsäpatologian professori Fred O. Asiegbu, Metsätieteiden laitos, Helsingin yliopisto,
p. 09-19158109, e-mail: fred.asiegbu@helsinki.fi ; http://blogs.helsinki.fi/forestpathology/
FiDiPro-professori Yong-Hwan Lee, VGSK ja em. laitokset (kotilaitos: Department of Agricultural Biotechnology, Seoul National University, Seoul 151-921, Korea e-mail: yonglee@snu.ac.kr; http://cfgp.snu.ac.kr)