Myös tiede valjastettiin 1800-luvulla muokkaamaan mielipiteitä kansakunnan heräämiselle ja autonomian puolustamiselle suotuisiksi. Esimerkiksi yleisen historian professori J. R. Danielson-Kalmari pyrki kokonaisvaltaisella historiankirjoituksella luomaan Suomelle omaa historiaa. Monet kansakunnan luomisessa mukana olleista humanisteista päätyivätkin myös oman tieteenalansa huipulle. Muun muassa kansainvälistäkin mainetta saaneet suomen kielen ja kirjallisuuden professorit M. A. Castrén ja August Ahlqvist muistetaan lähinnä Pohjois-Euraasian kielten ja kansojen tutkijoina, vaikka he molemmat olivat aktiivisesti mukana myös kansallisen identiteetin rakentamisessa. Myös kirjallisuuden professori Gunnar Castrén oli oman tieteenalansa merkittävä tutkija, jonka lausunnoilla oli kulttuuripoliittistakin painoarvoa.

Suomen suurruhtinaskunnan kohtalon vuosina monet kansainvälistä mainetta tutkijoina saavuttaneet suomalaiset humanistit tekivät samalla maamme poliittista tilannetta tunnetuksi maailmalla. Esimerkiksi sosiaaliantropologian kansainvälinen uranuurtaja ja tutkimusmatkailija Edvard Westermarck sekä kaksi arvostettua ranskalaista tiedepalkintoa voittanut romanisti Arthur Långfors toimivat aktiivisesti Suomen asian puolesta maailmalla. Orientalisti G. A. Wallin puolestaan saavutti kansainvälistä mainetta tehtyään useiden vuosien ajan kenttätutkimusta Arabian niemimaalla ja altaisti G. J. Ramstedt tutkittuaan laajalti Keski-Aasian kansoja. Historian professori Gunnar Suolahti taas perusti kulttuurihistoriallisen koulukunnan Suomeen opiskeltuaan ensin historiantutkimusta Saksassa.

Oman tieteen alansa huipulle pääsi myös Werner Söderhjelm, jonka osaamista varten Keisarillisen Aleksanterin yliopistoon perustettiin kotimaisen ja yleisen kirjallisuudenhistorian professuuri. Kansainvälisiä tutkimussuuntauksia Suomessa esitteli myös teoreettisen filosofian professori Eino Kaila, jota filosofian lisäksi pidetään psykologian uranuurtajana. Äärimmäisen tuottelias tutkija oli estetiikan ja nykykansain kirjallisuuden professori Rafael Koskimies, joka toimi tutkijan uransa ohella aktiivisena kirjallisuuskriitikkona. Filosofian professori Thiodolf Rein oli puolestaan mukana muokkaamassa suomalaista psykologian tutkimusta kohti empiirisyyttä, vaikka ei ehtinytkään julkaista merkittävää tutkimusta hallinnollisten tehtävien viedessä lähes koko hänen aikansa. Mainittakoon vielä Emma Irene Åström, joka oli Suomen ensimmäinen naismaisteri.