Helsingin yliopistossa on 11 tiedekuntaa ja useita niihin kuuluvia osastoja, tutkimuskeskuksia ja tutkimusasemia. Lisäksi Helsingin yliopistossa toimii useita erillislaitoksia, monitieteisiä tutkimusverkostoja ja kampusyksiköitä sekä valtakunnallisia viranomaistehtäviä hoitavia yksiköitä.