Tietojenkäsittelyteorian opintosuunnassa ohjelmointia tehdään alan parhaiden käytäntöjen mukaisesti ja kursseilla sovelletaan vaativia algoritmisia ongelmanratkaisutekniikoita. Tietojenkäsittelyteorian opintosuunta korostaa etenkin tietojenkäsittelyn perustana olevia matemaattisia teorioita ja periaatteita, kun taas vastaavasti ohjelmistotuotannolla on hieman kevyempi rooli kuin tietojenkäsittelytieteen koulutusohjelmassa.