Elokehä – Geneettiset viivakoodit

DNA-viivakoodaus Oikopolku Yhteistyötahot Yhteystiedot

Tiedekunnan yhteystiedot:

Kanslia:
PL 62 (Viikinkaari 11)
00014 Helsingin yliopisto
fax. (09) 1915 8575

mmtdk-hallinto(at)helsinki.fi
mmtdk-opintoasiat(at)helsinki.fi

Henkilöhaku puhelinluettelosta
webmail

DNA-viivakoodaus

Tehostekuva


Nopeaa lajintunnistusta

DNA-viivakoodaus (DNA Barcoding) on uusi tehokas keino lajien tunnistamiseen. Viivakoodit mahdollistavat nopean lajien tunnistamisen jopa ilman taksonomista asiantuntijaa ja syvällistä tietoa eliölajin rakenteesta tai sen sukulaisista.

Viivakooditettavat geenialueet ovat lyhyitä genomin osia, jotka ovat lajin sisällä lähes samankaltaisia mutta muuntelevat lajien välillä. Kansainvälisesti sovituista geenialueista hankittu DNA-tieto muokataan viivakoodiksi siten, että kukin eliölaji saa oman ainutlaatuisen koodinsa. Standardoitu viivakoodialue sijaitsee eläimillä mitokondrion DNA:ssa, kasveilla viherhiukkasen DNA:ssa ja sienillä tuman genomissa.

DNA-viivakoodeja voidaan hyödyntää eri tavoin. Käytännön sovellutuksia on monia, erityisesti liittyen lääkeyrttien, ruoka-aineiden, laittomien kasvien ja uhanalaisten lajien tunnistamiseen, haitallisten ja tulokaslajien seurantaan, ekologisiin tutkimuksiin ja tietoon luonnon monimuotoisuudesta.

Luonnontieteellisten museoiden näytekokoelmat ovat erittäin tärkeitä lähteitä viivakoodihankkeille. Museot tarjoavat solukkonäytteitä, jotka tuottavat referenssiviivakoodin kyseiselle lajille. Jokaisen viivakoodin tulee kytkeytyä tiettyyn yksilöön ja voucher-näytteeseen.

Viivakooditiedot, jotka sisältävät DNA-sekvenssin, tiedot voucher-näytteestä ja lajin nimen, kootaan kolmeen maailmanlaajuiseen DNA-sekvenssitietokantaan. Viivakooditiedot ovat kaikille avoimia, ja niiden käyttö on maksutonta.


Standardit DNA-viivakoodialueet

Viivakoodauksessa käytettävät geenialueet erovat eläinten, kasvien ja sienien kesken. Lähes kaikkien eläinten DNA-viivakoodauksessa käytetään 648 emäsparin pituista geenialuetta mitokondriossa (CO1). Sienten viivakoodialueeksi on valittu ITS, joka sijaitsee tuman genomissa. Kasvien viivakoodaukseen käytettävät standardoidut geenialueet ovat vielä vakiintumattomia. Viherhiukkasessa sijaitsevat geenialueet matK ja rbcL ovat vahvimmat ehdokkaat kasvien standardialueiksi.


Sekvenssitietokantoja