Yhteystiedot

Huippuyksikön johtaja

Lauri Aaltonen,
LT, Akatemiaprofessori

Haartmaninkatu 8 (PL 63)
Helsingin yliopisto 00014

Puh: 02941 25595
S-posti: lauri.aaltonen (at) helsinki.fi

Huippyksikön varajohtaja

Jussi Taipale
S-posti: jussi.taipale (at) helsinki.fi

Huippuyksikön muut jäsenet

Sampsa Hautaniemi
S-posti: sampsa.hautaniemi (at) helsinki.fi

Veli Mäkinen
S-posti: veli.makinen (at) helsinki.fi

Eero Pukkala
S-posti: eero.pukkala (at) cancer.fi

Hallinnollinen koordinaattori
Tiia Pelkonen
S-posti: tiia.pelkonen (at) helsinki.fi

 

Yhteistyökumppanit


Suomen akatemian logo

syoparekisteri logo

University of Helsinki logo



karolinska institute logo



 

Syöpägenetiikan tutkimuksen huippuyksikkö

CoE kaavio
Taustaa

Syöpä on kahden genomin tauti; potilaan perimä sekä hänen kasvaimensa genominen rakenne ovat keskeisiä tekijöitä sen synnyssä. Asetelma muodostaa yhden lääketieteellisen tutkimuksen keskeisimmistä haasteista ja edellyttää yhteistyötä eri alojen välillä. Genomitutkimuksen teknologian kehitys mahdollistaa nyt ihmisyksilön ja syöpäkasvaimen koko genomin analysoinnin. Viimeinkin pystytään selvittämään kasvaimien syntyyn johtavien iturata- ja somaattisten mutaatioiden koko kirjo. Syöpägenetiikka on lääketieteellisen tutkimuksen keskeinen osa-alue, ja Suomi ja nykyinen huippyksikköyhteistyö edustavat alalla korkeinta kansainvälistä tasoa. Huippuyksikön toiminta keskittyy syövän syntyyn ja etenemiseen liittyvien iturata- ja somaattisen mutaatioiden tutkimukseen, data-analyysiin, mallinnukseen, tutkimustulosten hyödyntämiseen lääketieteen sovelluksissa sekä tutkijakoulutukseen. Huippuyksikön keskeinen tavoite on syöpätautien hoidon ja ennaltaehkäisyn edistäminen.

Suomen Akatemia on myöntänyt Syöpägenetiikan tutkimuksen huippyksikölle rahoituksen vuosille 2012-2017.

Tutkimusryhmät

Huippuyksikön muodostaa Eero Pukkalan, Lauri Aaltosen, Sampsa Hautaniemen, Jussi Taipaleen ja Veli Mäkisen tutkimusryhmät. Pukkalan ryhmä edustaa Suomen Syöpärekisteriä ja tuo yksikköön syöpäepidemiologian asiantuntemusta. Aaltosen ryhmän erikoisalaa on syöpägenetiikka, Hautaniemen bioinformatiikka ja systeemibiologia. Taipaleen ryhmä on erikoistunut geenien säätelyn tutkimukseen, mallintamiseen ja tehoseulontamenetelmiin (high-throughput screening). Mäkisen ryhmän vahvuus on innovatiivisessä sekvenssien analysoinnissa ja algoritmeihin perustuvassa ongelmanratkaisussa.

Huippuyksikön tavoitteena on:

1) Päivittää Suomen Syöpärekisterin tietokannasta edelläkävijä syöpäklustereiden analysoinnissa ja tutkimustulosten vahvistamisen lähdemateriaalina.

2) Selvittää syöpäalttiuden perinnölliset osatekijät - myös polygeenisessä periytymisessä - kaikilla penetranssin tasoilla. Selvittää kasvainten synnyn taustalla olevat somaattiset muutokset peräsuolensyövässä ja kohdun leiomyoomassa.

3) Luoda uusi ja tehokas data-analyysi- ja tiedonlouhintaympäristo huippuyksikön sekä muiden tuottaman laajamittaisen datan käsittelyä varten.

4) Kehittää ja hyödyntää systeemibiologisia menetelmiä tunnistettujen varianttien vaikutuksen mallintamiseen, tunnistaa kaikkein lupaavimmat ehdokkaat molekyylistä ja kliinistä tutkimusta varten.

5) Muuttaa molekyylitason löydökset kliinisellä tasolla hyödynnettäviksi, esim. riskinarvioinnissa, syövän ehkäisyssä, diagnoosissa ja hoidossa.

 

CoECG members