Syventävä laboratorio-opetus

52809 Syventävä laboratorio-opetus I (12 op) (vaihtoehtoinen opintojakso)
Vastuuhenkilö: prof. Kielo Haahtela

52833 Syventävä laboratorio-opetus II (12 op)
528008 Syventävä laboratorio-opetus III (12 op)

Kaksi kokopäiväistä 8 viikon harjoittelujaksoa, joissa opiskelija perehtyy mikrobiologiseen tutkimustyöhön henkilökohtaisen opettajan johdolla. Harjoittelujaksot liittyvät kahteen erilliseen tutkimusprojektiin.

Opintojaksot suoritetaan opiskelijan valitsemalla mikro-biologian erikoistumislinjalla, ja ne suoritetaan ennen pro gradu -työtä. Harjoittelun alussa opiskelija tutustuu tutkimusongelmaan lukemalla hänelle annettavat artikkelit sekä keskustelulla ko. tutkimusongelmasta. Jakson aikana opiskelija perehdytetään geenitekniikan lainsäädäntöön ja sen asettamiin vaatimuksiin ko. projektissa ja hän laatii työstään kirjallisen riskinarvion. Harjoittelujakson lopussa opiskelija kirjoittaa työstään lyhyen raportin.

Tavoite: Itsenäisen laboratoriotyöskentelyn oppiminen: opiskelija perehdytetään tutkimustyöhön tutkimusryhmässä tutkijan/opettajan henkilökohtaisessa ohjauksessa. Riskinarvioraportin tarkoituksena on perehdyttää opiskelija alan käytäntöihin (=ilmoitusvelvollisuus GMO:lla työskenneltäessä) sekä auttaa hahmottamaan omaan projektiin liittyviä riskejä
Sisältö: Opiskelijan erikoistumislinjasta riippuen harjoittelun tiedollinen tausta liittyy joko lääketieteellisen mikrobiologian, virologian tai mikrobiekologian osa-alueeseen. Jaksot II ja III tehdään eri projekteissa, jotta harjoittelut ovat mahdollisimman monipuolisia.
Suoritustapa: Tutkimusongelmaan perehtyminen kirjallisuuden ja keskustelun kautta, harjoitustyöt, laboratoriopäiväkirja, loppuraportti, perehtyminen geenitekniikan lainsäädäntöön ja kirjallinen riskinarvio
Kirjallisuus: Projektiin liittyvä kirjallisuus, geenitekniikan lainsäädäntöä
Edeltävät suoritukset: Yleisen mikrobiologian mallipolun pakolliset perus- ja aineopinnot sekä suositeltavista opinnoista seur.kurssit: Mikrobigenetiikan työt ja Molekyylimikrobiologian harjoitustyöt. Huom! 52833 ja 528008 –opintojaksot suoritettava ennen pro gradu –työtä.
Arviointi: Hyväksytty

Harjoitteluun liittyvät käytännön ohjeet:

• Harjoittelut kestävät 8 viikkoa eli 40 arkipäivää; harjoittelujaksolle osuvat lomat pidentävät siten harjoittelun kestoa. Harjoittelijan työaika on keskimäärin 8 tuntia päivässä.
• Sairaustapauksissa harjoittelun kesto yleensä pitenee poissaolopäivien mukaan (sovittava erikseen)
• Jos harjoittelu tehdään laitoksen ulkopuolisessa tutkimusryhmässä niin, vastuuprofessorille toimitetaan lyhyt kuvaus projektista, ohjauksesta ja siitä, kuinka kurssin muut tavoitteet täyttyvät.
• Loppuraportti ja riskinarvio tehdään harjoittelujakson aikana ja ohjaaja antaa niistä palautetta opiskelijalle. Riskinarvioraportin pituus on noin 2-3 sivua, loppuraportin noin 3-6 sivua.
• Loppuraporttiin tulisi sisällyttää työn taustaa viittauksineen, keskeisimmät tulokset taulukoina/kuvina/tekstissä, sekä johtopäätökset; metodeja ei tarvitse kertoa.
• Loppuraportin tarkoituksena on harjoitella työselostuksen kirjoittamista ja toisaalta jättää ohjaajalle tiivistelmä harjoittelun tuloksista.
• Laitoksen ulkopuolella tehdyn harjoittelun jälkeen kopio riskinarviosta ja loppuraporttista palautetaan ohjaajan allekirjoittamina vastuuprofessorille. Opintoneuvoja vastaa suorituksen rekisteröinnistä Oodiin.

Laboratorio-opetuksesta sovitaan erikoistumislinjan vastuuprof. kanssa.

Erikoistumislinjojen tutkimusprojektit ja vastuuprofessorit:

Lääketieteellinen mikrobiologia (prof. Timo Korhonen)

• Enterobakteerien fimbriat
• Molekulaariset sekreetio- ja display-menetelmät
• Bakteerien plasminogeenireseptorit ja -aktivaattorit
• Laktobasillien adheesio-ominaisuudet
• >> Bacterial Adhesion Programme website

Virologia (prof. Dennis Bamford)

• Virusten toiminta: virusten kasvatus- ja puhdistusmenetelmät, virus-isäntäsolu -interaktiot ja virusten kokoaminen
• Virusten rakenne: menetelmät virusten ja niiden komponenttien kolmiulotteisen rakenteen selvittäminen
• Virusten biofysiikka: makromolekyylien ja niiden kompleksien toiminnan ja dynamiikan tutkiminen
• Muut professorin hyväksymät virologian tutkimusryhmät
  >> Rakennevirologian ohjelma -sivusto (in English)

Mikrobiekologia (prof. Kielo Haahtela)

• Maaperän ja juuriston mikrobit
• Bioremediaatio ja ilmastonmuutoksen mikrobiologia
• Kasvi-mikrobi-vuorovaikutukset ja niiden ympäristösovellukset

Yleisen mikrobiologian tutkimusryhmät