Bioinformaatikkoja työllistävät yliopisto sekä muut tutkimuslaitokset erilaisissa tutkimustehtävissä, mutta yhä enenevissä määrin myös bioteknologiayritykset asiantuntijoiksi sekä suunnittelutehtäviin. Biologiset ja lääketieteelliset tutkimusryhmät tarvitsevat bioinformaatikkoja data-analyysitehtäviin sekä biotietokantojensa suunnitteluun ja kehittämiseen. Bioinformatiikan tutkimusryhmät tarvitsevat teoreettisemmin suuntautuneita bioinformaatikkoja tutkijoiksi kehittelemään uusia tilastollisia ja laskennallisia menetelmiä.

Valintoja erilaisten suuntautumisvaihtoehtojen välillä ei tarvitse tehdä heti opintojen alkuvaiheessa, vaan opintojen edistyessä alkaa hahmottua, näkeekö itsensä lähinnä tutkijana algoritmeja ja laskentamenetelmiä kehittämässä ja ohjelmoimassa, ehkä data-analyysin asiantuntijana biologisessa tutkimusryhmässä, ehkä opettajana alan opetustehtävissä, tai vaikkapa biotietokantojen suunnittelu- ja kehittämistehtävissä.

Bioinformaatikkojen työllisyystilanne on erittäin hyvä. On arvioitu, että bioinformaatikkoja tullaan tarvitsemaan moninkertaisesti nykyisin alalla työskentelevien lukumäärään nähden.